R语言 dyebias包 dyebias.application.subset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dyebias.application.subset(dyebias)
dyebias.application.subset()所属R语言包：dyebias

                                        Return a subset of reporters that can be dye bias-corrected
                                         返回一个子集，记者偏压纠正可以是染料

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convenience function returning a subset of reporters that can be expected to be corrected reasonably well. Often, the logical AND of this set and that of maW(data.norm) == 1.0 is used.  The resulting subset is passed as the application.subset-argument to dyebias.apply.correction.
方便的函数返回一个子集，合理地予以纠正，可以预期的记者。通常的逻辑，这一套的maW(data.norm) == 1.0使用。产生的子集是通过application.subset参数dyebias.apply.correction。


用法----------Usage----------


                                      min.SNR=1.5,
                                      use.background=FALSE,
                                      maxA=15)



参数----------Arguments----------

参数：data.raw
A marrayRaw object whose normalized data is to be dye bias-corrected.  
一个marrayRaw对象，其规范化的数据是染料偏置校正。


参数：min.SNR
The minimum signal to noise ratio to require. It is loosely defined here as the foreground over the background signal. The background signal may not be real; see below.  
最低的信号信噪比要求。它是松散的定义在背景信号的前景。背景信号未必真实;见下文。


参数：use.background
Logical indicating whether or not to use the background signals <br>  maRb(data.raw) and maGb(data.raw). If the data.raw object does not have them, specify use.background=FALSE. This will use the smallest foreground of all reporters instead of the real backgrounds.   
逻辑表明是否或不使用的背景信号参考maRb(data.raw)和maGb(data.raw)。如果data.raw对象没有他们，指定use.background=FALSE。这将使用所有记者中最小的前景，而不是真正的背景。


参数：maxA
The maximum signal that is still allowed.  
仍允许的最大信号。


Details

详情----------Details----------

This routine requires an marrayRaw object since only that contains the background intensities. If you only have normalized data, use something like
这个程序需要marrayRaw对象，因为只有包含背景强度。如果你只有规范化的数据，使用类似


值----------Value----------

A matrix of logicals with the same dimensions as those of maRf{data.raw} is returned.
作为那些maRf{data.raw}的尺寸相同的逻辑值矩阵返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Philip Lijnzaad <code>p.lijnzaad@umcutrecht.nl</code>



参考文献----------References----------

Kemmeren, P., van Hooff, S.R and Holstege, F.C.P. (2009) Adaptable gene-specific dye bias correction for two-channel DNA microarrays. Molecular Systems Biology, 5:266, 2009. doi: 10.1038/msb.2009.21.

参见----------See Also----------

dyebias.apply.correction
dyebias.apply.correction


举例----------Examples----------


  ## First load data and estimate the iGSDBs[＃第一负荷数据和估计的iGSDBs]
  ## (see dyebias.estimate.iGSDBs)[＃（见dyebias.estimate.iGSDBs）]

                                      

  ### choose the estimators and which spots to correct:[＃选择的估计和景点，以纠正：]
  estimator.subset <- dyebias.umcu.proper.estimators(maInfo(maGnames(data.norm)))

  ### choose which genes to dye bias correct. Typically, this is based[＃选择哪些基因染色偏见正确。通常情况下，这是基于]
  ### both on flagged spots and intensity[＃标记点和强度都]
  application.subset <- maW(data.norm) == 1 &amp;
          dyebias.application.subset(data.raw=data.raw, use.background=TRUE)

  summary(application.subset)


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