dksPerm(dualKS)
dksPerm()所属R语言包：dualKS
Estimate significance of signature scores.
估计签名分数的意义。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The distribution of Kolmogorov Rank Sum scores generated by this package depends on a variety of factors including the size of the signature and the total number of genes measured in each sample. For a given classifier, this function bootstraps an approximate distribution for the scores and then identifies optimum parameters for the gamma distribution that best fits the bootstrap distribution. The corresponding gamma probability function is then returned, allowing p-values for one or more scores to be readily computed.
这个包所产生的Kolmogorov秩分数的分布取决于多种因素，包括签名的大小，在每个样品测量的基因总数。对于一个给定的分类，此功能引导分数的大致分布，然后确定最佳，最适合引导分布的伽玛分布参数。相应的伽玛概率函数，然后返回，p值允许一个或多个很容易地计算分数。
用法----------Usage----------
dksPerm(eset, class, n=100, samples=100, type="up", rescale=FALSE,
verbose=FALSE, method="kort")
参数----------Arguments----------
参数：eset
An ExpressionSet or matrix containing the gene expression data to be used for bootstrapping.
ExpressionSet或matrix包含的基因表达为引导程序使用的数据。
参数：class
A factor with two or more levels indicating which class each sample in the expression set belongs OR an integer indicating which column of pData(eset) contains this information.
与两个或两个以上的水平，表明每个样本中的表达集属于哪一类的因素或一个整数，指示PDATA（ESET）列包含此信息。
参数：n
The number of genes per class to use in the bootstrap signature.
每类基因在引导签名使用人数。
参数：samples
The number of bootstrap samples to generate. A value of at least 1000 give good results, but may take a a while.
引导样本数生成。价值至少1000提供了良好的效果，但可能会采取AA而。
参数：type
One of "up", "down", or "both". See dksTrain.
“上升”，“打倒”，或“既”之一。看到dksTrain。
参数：rescale
Logical indicating whether scores should be rescaled to range c(0,1).
逻辑指示是否应重新调整到范围C（0,1）分数。
参数：verbose
Set to TRUE if you want more evidence of progress while data is being processed. Set to FALSE if you want your CPU cycles to be used on analysis and not printing messages.
如果你想了解更多进展的证据正在处理数据时，设置为TRUE。设置为FALSE，如果你想你的CPU周期来进行分析和打印消息。
参数：method
One of either 'kort' or 'yang'. Should match that used for dksTrain.
KORT“或”阳“之一。应匹配使用dksTrain。
值----------Value----------
A function (1-pgamma(x, ...)) with the appropriate parameters preset based on log likelihood maximization relative to the bootstrapped distribution.
一个基于log的可能性最大化，相对自举分布与相应的参数预置功能（1 pgamma（X，...））。
注意----------Note----------
All arguments should match those used by dksClassify, otherwise the estimated p-values will not meaningfully describe
所有参数匹配dksClassify，否则估计p值不会有意义的描述使用
作者（S）----------Author(s)----------
Eric J. Kort
参见----------See Also----------
dksTrain, dksSelectGenes, dksClassify, DKSGeneScores, DKSPredicted,
dksTrain，dksSelectGenes，dksClassify，DKSGeneScores，DKSPredicted
举例----------Examples----------
data("dks")
p.value <- dksPerm(eset, 1, samples=25)
# this is not nearly enough samples, but will suffice for [这是远远不够的样品，但也足以令]
# the demonstration. See the vignette for more informative [示范。看到更丰富的小插曲]
# example.[例子。]
p.value(250)
p.value(1500)
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发表于 2012-2-25 16:48:39
