DTA.estimate(DTA)
DTA.estimate()所属R语言包：DTA
Estimation of synthesis and decay rates
合成和衰变率的估计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
DTA.estimate uses an experiment, given by a phenotype matrix, data matrix and the number of uridines for each gene to estimate synthesis and decay rate of the genes.
DTA.estimate使用一个实验，通过表型矩阵，数据矩阵和估计的合成和衰变率的基因，每个基因uridines。
用法----------Usage----------
DTA.estimate(phenomat = NULL, datamat = NULL, tnumber = NULL, ccl = NULL, mRNAs = NULL, reliable = NULL, mediancenter = TRUE, usefractions = "LandT", LtoTratio = NULL, ratiomethod = "tls", largest = 5, weighted = TRUE, relevant = NULL, check = TRUE, regression = TRUE, labeling = TRUE, correctedlabeling = FALSE, rankpairs = TRUE, assessment = TRUE, correlation = TRUE, error = FALSE, bicor = TRUE, condition = "", upper = 700, lower = 500, plots = FALSE, notinR = FALSE, folder = NULL, addformat = NULL, totaloverwt = 1, simulation = FALSE, sim.object = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：phenomat
A phenotype matrix, containing the design of the experiment as produced by DTA.phenomat. Columns are name, fraction (U=unlabebeld, L=labeled, T=total), time and nr (=replicate number). Rows represent individual experiments.
表型矩阵，包含由DTA.phenomat生产实验设计。的列名，分数（ü= unlabebeld，L为标记，T =总），时间和NR（=复制数）。行代表个人实验。
参数：datamat
A matrix, containing the measurements from U, L and T, according to the design given in phenomat. Matrix should only contain the rows of phenomat as columns.
A矩阵，包含从U，L和T的测量，根据在phenomat设计。矩阵应该只包含作为列的phenomat的行。
参数：tnumber
Integer vector, containing the numbers of uridines. Elements should have the rownames of datamat.
整数向量，包含数字uridines。元素要有datamat的rownames。
参数：ccl
The cell cycle length of the cells.
单元的单元周期的长短。
参数：mRNAs
Estimated number of mRNAs in a cell (optional).
估计人数（可选）在一个单元的基因。
参数：reliable
Vector of 'reliable' genes, which are used for parameter estimation.
“可靠”的基因，这是用于参数估计的向量。
参数：mediancenter
Should the quotient Labeled/Total resp. Unlabeled/Total be rescaled to a common median over it's replicates before building the genewise median.
应商标记/总RESP。无标签/总被重新调整到一个共同的中位数，超过它的重复建设2-6。中位数之前。
参数：usefractions
From which fractions should the decay rate be calculated: "LandT", "UandT" or "both".
分数应该从它的衰变率计算：“LandT”，“UandT”或“两个”。
参数：LtoTratio
Coefficient to rescale Labeled/Total. Is estimated from the data, if not specified. See ratiomethod.
定标标记/总系数。从数据估计，如果不指定。看到ratiomethod。
参数：ratiomethod
Choose the regression method to be used, possible methods are: "tls", "bias" and "lm". For details, see the vignette.
选择要使用的回归方法，可能的方法是：“TLS”，“偏见”和“LM”。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：largest
Percentage of largest residues from the first regression not to be used in the second regression step. For details, see the vignette.
从最初的回归不被用在第二个回归一步最大残留量的百分比。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：weighted
Should the regression be weighted with 1/(Total^2 + median(Total))?
应回归加权1 /（^ 2 +中位数（总））？
参数：relevant
Choose the arrays to be used for halflives calculation, vector due to nr (=replicate number) in phenomat.
选择阵列半衰期计算，向量由于NR（复制数量）在phenomat。
参数：check
If check=TRUE, control messages and plots will be generated.
如果检查= TRUE，控制消息和图将产生。
参数：regression
Should the regression results be plotted?
应该被绘制的回归结果呢？
参数：labeling
Should the labeling bias be plotted?
应绘制标签偏见？
参数：correctedlabeling
Should the corrected labeling bias be plotted?
应纠正标签偏见的绘制？
参数：rankpairs
Should the ranks of decayrates be compared in pairs be plotted (based on Labeled/Total)?
应成对比较的decayrates行列绘制（基于标记/总）？
参数：assessment
Should 1-L/T, U/T or (1-L/T+U/T)/2 be assessed due to limitations of the decay rate formula?
如果1 - L / U / T或（1-L / T +的U / T）/ 2进行评估，由于衰减率计算公式的限制？
参数：correlation
Should the correlation of half-lives, decay rates and synthesis rates vs Total, Labeled and the number of uridines be plotted as color-coded squares?
应相关半衰期，衰变率和合成率亦或，共计标记和颜色编码法绘制的uridines数量吗？
参数：error
Should the standard deviations and coefficients of variation be calculated?
应的标准差和变异系数计算的？
参数：bicor
Should the labeling bias be corrected?
标签偏见应予以纠正？
参数：condition
String, to be added to the plotnames.
字符串，要添加到的plotnames。
参数：upper
Upper bound for labeling bias estimation. For details, see the vignette.
偏差估计标签上的约束。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：lower
Lower bound for labeling bias estimation. For details, see the vignette.
降低标签偏差估计的约束。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：plots
If plots=TRUE, control plots will be saved.
如果图= TRUE时，控制图将被保存。
参数：notinR
Should plots be not plotted in R.
图应该被绘制在R
参数：folder
Path to the folder, where to save the plots.
路径的文件夹，其中保存的图。
参数：addformat
Additional fileformat for plots to be saved. See plotit function (LSD package).
附加档案格式保存的图。看到plotit函数（LSD包）。
参数：totaloverwt
Will be available in the very near future for comparative DTA data.
将在不久的将来比较DTA数据。
参数：simulation
True, if data was generated by DTA.generate.
诚然，如果数据生成DTA.generate。
参数：sim.object
Simulation object created by DTA.generate.
DTA.generate创建模拟对象。
值----------Value----------
DTA.estimate returns a list, where each entry contains the estimation results for all replicates of one labeling time. Each result contains the following entries
DTA.estimate返回一个列表，其中每个条目包含一个标签的时间为所有复制的估计结果。每个结果包含下列项目
参数：triples
Mapping of each fraction and experiment to its corresponding column in the data matrix.
每个分数和实验数据矩阵中的相应列的映射。
参数：plabel
The labeling efficiency. For details, see the vignette.
标记效率。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：LtoTratio
Estimated ratio of labeled to total fraction.
标记估计比总分数。
参数：UtoTratio
Estimated ratio of unlabeled to total fraction.
估计比未标记的总分数。
参数：LtoUratio
Estimated ratio of labeled to unlabeled fraction.
估计比标记的未标记的分数。
参数：correcteddatamat
Labeling bias corrected data matrix.
标注偏差修正后的数据矩阵。
参数：drmat
Decay rates for each replicate. The last column gives the median decay rates.
每个复制的衰变率。最后一列给出了衰变率中位数。
参数：hlmat
Half-lives for each replicate. The last column gives the median half-lifes.
半衰期为每个复制。最后一列给出的中位数的半衰期。
参数：dr
Median decay rates. The last column of drmat.
衰变率中位数。最后一列的drmat。
参数：hl
Median half-lives. The last column of hlmat.
中位数的半衰期。最后一列的hlmat。
参数：dr.sd
Standard deviations of decay rates.
衰变率的标准偏差。
参数：dr.cv
Coefficients of variation of decay rates.
衰变率系数的变化。
参数：hl.sd
Standard deviations of half-lives.
半衰期的标准偏差。
参数：hl.cv
Coefficients of variation of half-lives.
半衰期系数的变化。
参数：TEmat
Total expression for each replicate. The last column gives the median total expression values.
为每个复制的总表达。最后一列给出表达式的值总额中位数。
参数：TE
Median total expression values. The last column of TEmat.
总表达式值中位数。最后一列的TEmat。
参数：TE.sd
Standard deviations of total expression values.
总的表达值的标准偏差。
参数：TE.cv
Coefficients of variation of total expression values.
系数的变化，总的表达式的值。
参数：LEmat
Labeled expression for each replicate. The last column gives the median labeled expression values.
为每个复制的标记表达。最后一列给出的中位数的标记表达式的值。
参数：LE
Median labeled expression values. The last column of LEmat.
中位数标记表达式的值。最后一列的LEmat。
参数：LE.sd
Standard deviations of labeled expression values.
标记的表达值的标准偏差。
参数：LE.cv
Coefficients of variation of labeled expression values.
标记的表达值系数的变化。
参数：UEmat
Unlabeled expression for each replicate. The last column gives the median unlabeled expression values. (Only if unlabeled values exist in the experiment)
为每个复制的未标记的表达。最后一列给出的中位数的未标记的表达式的值。 （只有在实验中存在的，如果未标注值）
参数：UE
Median unlabeled expression values. The last column of UEmat. (Only if unlabeled values exist in the experiment)
未标记的表达式值中位数。最后一列的UEmat。 （只有在实验中存在的，如果未标注值）
参数：UE.sd
Standard deviations of unlabeled expression values.
未标记的表达式值的标准偏差。
参数：UE.cv
Coefficients of variation of unlabeled expression values.
未标记的表达值系数的变化。
参数：srmat
Synthesis rates for each replicate. The last column gives the median synthesis rates.
为每个复制的合成率。最后一列给出了合成率中位数。
参数：sr
Median synthesis rates. The last column of srmat.
中位数的合成率。最后一列的srmat。
参数：sr.sd
Standard deviations of synthesis rates.
合成率的标准偏差。
参数：sr.cv
Coefficients of variation of synthesis rates.
合成率系数的变化。
参数：LTmat
Labeled to total ratio for each replicate. The last column gives the median labeled to total ratios.
标记，以总额的比例为每个复制。最后一列给出了标记的总比例的中位数。
参数：LT
Median labeled to total ratios. The last column of LTmat.
标记的总比例的中位数。最后一列的LTmat。
参数：UTmat
Unlabeled to total ratio for each replicate. The last column gives the median unlabeled to total ratios.
未标注，以总额的比例为每个复制。最后一列给出了未标记的总比例中位数。
参数：UT
Median unlabeled to total ratios. The last column of UTmat.
中位数未标记的总比例。最后一列的UTmat。
参数：Rsrmat
Rescaled synthesis rates for each replicate, if parameter mRNAs is specified. The last column gives the median synthesis rates.
每个重复的重标合成率，如果参数mRNAs指定。最后一列给出了合成率中位数。
参数：Rsr
Rescaled median synthesis rates. The last column of Rsrmat.
重新调整了中位数的合成率。最后一列的Rsrmat。
参数：globaldrmat
Decay rate for each replicate. Reciprocally weighted by the total expression. Last element contains (weighted) median decay rate.
每个重复的衰变率。相互加权总表达。最后一个元素包含（加权）衰变率中位数。
参数：globaldr
(Weighted) median decay rate.
（加权）衰变率中位数。
作者（S）----------Author(s)----------
Bjoern Schwalb <a href="mailto:schwalb@lmb.uni-muenchen.de">schwalb@lmb.uni-muenchen.de</a>
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
heatscatter, plotit, tls
heatscatter，plotit，tls
举例----------Examples----------
dataPath = system.file("data", package="DTA")
load(file.path(dataPath, "datamat.RData"))
load(file.path(dataPath, "phenomat.RData"))
load(file.path(dataPath, "tnumber.RData"))
load(file.path(dataPath, "reliable.RData"))
res = DTA.estimate(phenomat,datamat,tnumber,ccl = 150,mRNAs = 60000,reliable = reliable,assessment = FALSE)
dev.off()
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 16:45:39
