R语言 domainsignatures包 gseDomain()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

gseDomain(domainsignatures)
gseDomain()所属R语言包：domainsignatures

                                        Geneset enrichment based on InterPro domain signatures
                                         基于InterPro的域名签名geneset富集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute the similarity to pathways specified trough dataSource for a set of entrezgene identifiers.
计算相似路径指定槽dataSource一套entrezgene标识符。


用法----------Usage----------


gseDomain(dataSource, geneset, n=10000, verbose=TRUE, samples=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dataSource
Object of class ipDataSource containing pathway and InterPro domain mappings
Object类的ipDataSource含有途径和InterPro的域名映射


参数：geneset
Character vector of entrezgene identifiers
entrezgene标识符的字符向量


参数：n
Number of subsampling iterations
抽样迭代数


参数：verbose
Toggle progress report
切换进度报告


参数：samples
Logical indicating whether to return the similarity measures for all the resamples.
逻辑指示是否返回的相似性措施，为所有的重新采样。


Details

详情----------Details----------

Use this function to compute p-values for similarity of the domain signature of a gene set to all signatures of the pathways defined in dataSource. You should have created dataSource using either function dataSource or getKEGGdata.
使用此功能来计算p值定义在dataSource途径的所有签名域签名的基因组的相似性。你应该创建dataSource使用这两个函数dataSource或getKEGGdata。


值----------Value----------

A list with items
与项目名单


参数：similarity
Named vector of similarity measures for each pathway
每个通路命名为向量的相似性措施


参数：pvalue
The p-values of similarity to each pathway. A named vector.
P-值相似，每个通路。命名的向量。

and optional item (if samples=TRUE)
和可选的项目（如果samples=TRUE）


参数：dist
A named list containing similarity measures for all the resamples
命名的列表，其中包含的相似性措施，为所有的重新采样


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Hahne



参见----------See Also----------

gseDomain
gseDomain


举例----------Examples----------


## see Vignette of this package for examples how to use this function[＃看到这个包的小插曲为例子，说明如何使用此功能]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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