R语言 domainsignatures包 dataSource()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

dataSource(domainsignatures)
dataSource()所属R语言包：domainsignatures

                                        Contructor for annotation object
                                         为批注对象的构造器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function creates the necessary annotation object of class ipDataSource containing the pathway and InterPro ID mappings.
这个函数创建必要的注释对象的类ipDataSource含有的途径和InterPro的ID映射。


用法----------Usage----------


dataSource(mapping, type = "generic")



参数----------Arguments----------

参数：mapping
A named list providing a mapping between enterzgene identifiers and arbitrary groupings of genes or pathways.
命名提供enterzgene标识符和基因或途径的任意分组之间的映射列表。


参数：type
The type of pathway. A character skalar.
通路类型。字符skalar。


Details

详情----------Details----------

For genes without pathway membership, NA list items need to be included in mapping. The names of the list comprise the gene universe to test against. The function will access the ensembl biomaRt database in order to retrieve the necessary InterPro domain information.
对于没有通路成员的基因，NA列表项目需要在mapping。名单上的名字，包括基因测试对宇宙。该函数将访问在ENSEMBLbiomaRt数据库，以获取必要的InterPro的域名信息。


值----------Value----------

Object of class ipDataSource
对象类ipDataSource


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Hahne



参见----------See Also----------

gseDomain, getKEGGdata
gseDomain，getKEGGdata


举例----------Examples----------


if(interactive())
{
grouping <- list("653361"=c("pw1", "pw2"), "729230"="pw1",
                 "415117"="pw3")
dataSource(grouping)
}

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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