zoomIntoRegion(DNAcopy)
zoomIntoRegion()所属R语言包：DNAcopy
Zoomed in view of genomic region
鉴于基因组区域放大
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This program computes the frequency of gains and losses for each probe as a function of level of mad.
此方案计算每个探针作为一个疯狂的功能水平的收益和损失的频率。
用法----------Usage----------
zoomIntoRegion(x, chrom, sampleid, maploc.start=NULL, maploc.end=NULL,
pt.pch=NULL, pt.cex=NULL, pt.col=NULL, segcol=NULL, seglwd=NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
an object of class DNAcopy.
对象类DNAcopy。
参数：chrom
the chromosome in which the region lies.
在该区域位于染色体。
参数：sampleid
the sample of interest.
感兴趣的样本。
参数：maploc.start
genomic start position of the region of interest. Default is the beginning of the chromosome.
感兴趣的区域的基因组开始位置。默认是染色体的开始。
参数：maploc.end
genomic end position of the region of interest. Default is the end of the chromosome.
感兴趣的区域的基因组的结束位置。默认是染色体的结束。
参数：pt.pch
the plotting character used for plotting the log-ratio values (default is ".").
用于绘图log比率值（默认为“。”）绘制字符。
参数：pt.cex
the size of plotting character used for the log-ratio values (default is 3 if "." and 1 otherwise).
绘制字符的大小使用log比值（默认的是，如果3“。”，否则为1）。
参数：pt.col
the color used for the points. Default is green3.
用于点颜色。默认是green3。
参数：segcol
the color of the lines indicating the segment means. If missing the line color is set to be red.
说明段的线的颜色是指。如果缺少线条颜色设置为红色。
参数：seglwd
line weight of lines for segment mean and zeroline. If missing it is set to 3.
线路段线的重量意味着zeroline。如果缺少它被设置为3。
参数：...
additional plotting options.
额外的绘图选项。
Details
详情----------Details----------
This command plots the region of interest with the log-ratio and segments. It works for a region from a single chromosome in a single sample. So if more than one chromosome and/or one sample are given only the first chromosome from the first sample will be used.
此命令图log比和段区域的利益。它的工作原理，从单一样品中的单条染色体的一个区域。因此，如果多个染色体和/或一个样本是从第一个样品只在第一号染色体将被使用。
作者（S）----------Author(s)----------
Venkatraman E. Seshan <a href="mailto:seshanv@mskcc.org">seshanv@mskcc.org</a>
举例----------Examples----------
data(coriell)
#Combine into one CNA object to prepare for analysis on Chromosomes 1-23[结合成一个中央社的对象，准备进行分析，染色体1-23]
CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296,coriell$Coriell.13330),
coriell$Chromosome,coriell$Position,
data.type="logratio",sampleid=c("c05296","c13330"))
#We generally recommend smoothing single point outliers before analysis[我们一般建议在分析单点离群平滑]
#Make sure to check that the smoothing is proper[确保检查是正确的平滑]
smoothed.CNA.object <- smooth.CNA(CNA.object)
#Segmentation at default parameters[在默认参数的分割]
segment.smoothed.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, verbose=1)
zoomIntoRegion(segment.smoothed.CNA.object, chrom=10, sampleid="c05296")
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 16:43:09
