plotSample(DNAcopy)
plotSample()所属R语言包：DNAcopy
Plot the data and results from segmentation for a single sample
绘制的数据分割和单个样品的结果
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plots the data for a single sample from a copy number array experiment (aCGH, ROMA etc.) along with the results of segmenting it into regions of equal copy numbers.
图数据从一个拷贝数阵列实验，随着区域平等的拷贝数分割成的结果（aCGH，罗马等）的一个样本。
用法----------Usage----------
plotSample(x, sampleid=NULL, chromlist=NULL, xmaploc=FALSE,
col=c("black","green"), pch=".", cex=1, altcol=TRUE,
segcol="red", lwd=3, zeroline=TRUE, zlcol="grey",
xlab="", ylab="", main="", ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
an object of class DNAcopy resulting from analyzing data from copy number array experiments.
一个类的对象DNAcopy从造成套数阵列实验数据分析。
参数：sampleid
the sample for which the plot is requested. Should be a valid sample name or number. If missing the first sample is plotted.
为图要求的样品。应该是一个有效的样品名称或编号。如果错过了第一个样品绘制。
参数：chromlist
a vector of chromosome numers or names to be plotted. If missing the whole genome is plotted.
的的染色体numers或名向量绘制。如果缺少整个基因组的绘制。
参数：xmaploc
a logical indicating if data are plotted against genomic position or Index. Defaults to FALSE.
逻辑表示，如果数据对绘制基因组的位置或指数。 FALSE默认。
参数：col
a vector of two colors that can be used for alternating colors for successive chromosomes.
交替连续染色体的颜色，可以使用两个颜色的向量。
参数：pch
the plotting character. Defaults to ..
绘制字符。 .默认。
参数：cex
the size of plotting character. Default is 1 (3 of ".").
大小策划字符。默认值是1（3。）。
参数：altcol
a logical indicating if colors of successive chromosomes should be alternated. Defaults to TRUE.
逻辑表明如果连续染色体的颜色应交替。 TRUE默认。
参数：segcol
color for segment means.
颜色分部手段。
参数：zeroline
a logical indicating if the zeroline is drawn. Defaults to TRUE.
逻辑如果zeroline绘制。 TRUE默认。
参数：zlcol
color for zero line.
零线的颜色。
参数：lwd
thickness of the lines.
线的厚度。
参数：xlab
the x-axis lavel.
x轴lavel。
参数：ylab
the y-axis label.
y轴的标签。
参数：main
the main title. Default is the sample name.
主标题。默认是样品名称。
参数：...
other arguments to the plot function can be passed here.
plot函数的其他参数可以通过这里。
Details
详情----------Details----------
This function plots the whole genome and segmentation results for a single sample. This function overcomes the deficiency in the plot.DNAcopy function which cycles through all the samples. If sampleid is not specified the first sample is plotted.
这个函数绘制全基因组和单个样品的分割结果。此功能克服了循环通过所有样品在plot.DNAcopy功能的不足。如果sampleid未指定绘制的第一个样品。
举例----------Examples----------
#Read in two examples from Snijders et al.[阅读斯奈德斯等的两个例子。]
data(coriell)
#Combine into one CNA object to prepare for analysis on Chromosomes 1-23[结合成一个中央社的对象，准备进行分析，染色体1-23]
CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296,coriell$Coriell.13330),
coriell$Chromosome,coriell$Position,
data.type="logratio",sampleid=c("c05296","c13330"))
#We generally recommend smoothing single point outliers before analysis[我们一般建议在分析单点离群平滑]
#Make sure to check that the smoothing is proper[确保检查是正确的平滑]
smoothed.CNA.object <- smooth.CNA(CNA.object)
#Segmentation at default parameters[在默认参数的分割]
segment.smoothed.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, verbose=1)
# Plot whole sample c13330[图整个样本c13330]
plotSample(segment.smoothed.CNA.object, sampleid="c13330")
# Plot only chromosomes 1,3,5,7,9 from first sample[仅积染色体1,3,5,7,9从第一个样本]
plotSample(segment.smoothed.CNA.object, sampleid=1, chromlist=c(1,3,5,7,9))
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 16:42:24
