R语言 DNAcopy包 CNA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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CNA(DNAcopy)
CNA()所属R语言包：DNAcopy

                                        Create ‘Copy Number Array’ data object
                                         创建“拷贝数阵列数据对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a "copy number array" data object used for DNA copy number analyses by programs such as circular binary segmentation (CBS).
创建一个“拷贝数的数组数据对象使用DNA拷贝数分析，如循环二元分割（CBS）的节目。


用法----------Usage----------


  CNA(genomdat, chrom, maploc, data.type=c("logratio","binary"),
                 sampleid=NULL, presorted = FALSE)
  ## S3 method for class 'CNA'
print(x, ...)



参数----------Arguments----------

参数：genomdat
a vector or matrix of data from array-CGH, ROMA, or other copy number experiments. If it is a matrix the rows correspond to the markers and the columns to the samples.
一个向量或矩阵阵列比较基因组杂交，ROMA的，或其他拷贝数的实验数据。如果它是一个矩阵的行对应的标志和列的样品。


参数：chrom
the chromosomes (or other group identifier) from which the markers came.  Vector of length same as the number of rows of genomdat.  If one wants the chromosomes to be ordered in the natural order, this variable should be numeric or ordered category.  
从该标记了染色体（或其他组标识符）。矢量长度作为genomdat行数相同。如果一个人想在自然顺序排列的染色体，这个变量应该是数字，或者责令类别。


参数：maploc
the locations of marker on the genome.  Vector of length same as the number of rows of genomdat. This has to be numeric.
标记基因组上的位置。矢量长度作为genomdat行数相同。这是数字。


参数：data.type
logratio (aCGH, ROMA, etc.) or binary (LOH).
对数比（aCGH，罗姆人等）或二进制（蕙）。


参数：sampleid
sample identifier.  If missing the samples are named by prefixing "Sample" to consecutive integers.
样品标识。如果缺少样本被命名为“样品”前缀的连续整数。


参数：presorted
logical indicator telling if the data have already been sorted by chrom and maploc.  Default is FALSE.
逻辑指示灯告诉如果数据已经由铬和maploc排序。默认为false。


参数：x
object returned by CNA
返回的对象由中央社


参数：...
arguments to be passed onto print command called within.
参数被传递到内调用打印命令。


Details

详情----------Details----------

Data that are NA, Inf, NaN will be removed on a per sample basis for "genomdat" and all samples for "chrom" and "maploc".  
每个样品的基础上为“genomdat”和“铬”和“maploc”所有样品将被删除的数据是不适用，INF，NaN的。


值----------Value----------

An object of class CNA.  There is a print method that gives the number of samples and probes and the type of data.
对象类CNA。有print方法，使样品和探针的数量和类型的数据。


举例----------Examples----------



data(coriell)

#Combine into one CNA object to prepare for analysis on Chromosomes 1-23[结合成一个中央社的对象，准备进行分析，染色体1-23]

CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296,coriell$Coriell.13330),
                  coriell$Chromosome,coriell$Position,
                  data.type="logratio",sampleid=c("c05296","c13330"))


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