dba(DiffBind)
dba()所属R语言包：DiffBind
Construct a DBA object
构建一个DBA对象
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Constructs a new DBA object from a sample sheet, or based on an existing DBA object
构造一个新的DBA对象从一个示例表，或根据现有DBA对象
用法----------Usage----------
dba(DBA,mask, minOverlap=2,
sampleSheet="dba_samples.csv",
config=data.frame(RunParallel=TRUE, reportInit="DBA"),
caller='raw', skipLines=0, bAddCallerConsensus=FALSE,
bRemoveM=TRUE, bRemoveRandom=TRUE,
bCorPlot=FALSE, attributes)
参数----------Arguments----------
参数：DBA
existing DBA object – if present, will return a fully-constructed DBA object based on the passed one, using criteria specified in the mask and/or minOverlap parameters. If missing, will create a new DBA object based on the sampleSheet.
现有的DBA对象 - 如果存在的话，将返回一个完全建成的DBA对象的基础上通过的，使用口罩和/或在指定的标准minOverlap参数。如果丢失，将创建一个新DBA对象基于的sampleSheet的。
参数：mask
logical or numerical vetcor indicating which peaksets to include in the resulting model if basing DBA object on an existing one. See dba.mask.
逻辑或数值vetcor的表明哪些peaksets到，如果立足于现有的一个DBA的对象包括在模型。看到dba.mask。
参数：minOverlap
only include peaks in at least this many peaksets in the main binding matrix if basing DBA object on an existing one.
如果立足于现有的一个DBA的对象只包括至少在许多peaksets主要结合矩阵峰。
参数：sampleSheet
data frame containing sample sheet, or file name of sample sheet to load (ignored if DBA is specified). Columns names in sample sheet should include:
数据框包含的样品表，或样品表加载的文件名称（如果DBA指定忽略）。样品表中的列名应包括：
SampleID: Identifier string for sample
样品SampleID：标识符字符串
Tissue: Identifier string for tissue type
组织：组织类型标识符字符串
Factor: Identifier string for factor
因素：因素的识别字符串
Condition: Identifier string for condition
条件：条件标识符字符串
Replicate: Replicate number of sample
复制：复制的样本数
bamReads: file path for bam file containing aligned reads for ChIP sample
bamReads：文件路径为BAM文件包含对齐，读取芯片样品
bamControl: file path for bam file containing aligned reads for control sample
：BAM文件包含对齐bamControl文件路径读取控制样
ControlID: Identifier string for control sample (optional)
控件ID：控制样品的标识字符串（可选）
Peaks: path for file containing peaks for sample. format determined by PeakCaller field or caller parameter
高峰：含有样品峰的文件的路径。由PeakCaller领域或来电参数确定的格式
PeakCaller: Identifier string for peak caller used. If Peaks is not a bed file, this will determine how the Peaks file is parsed. If missing, will use default peak caller specified in caller parameter. Possible values:
PeakCaller：为高峰使用呼叫者标识字符串。如果峰是不是床的文件，这将确定如何解析峰文件。如果丢失，会使用默认的峰值来电来电参数指定。可能的值：
“raw”: text file file; peak score is in fourth column
“原始”：文本文件;高峰的得分是在第四列
“bed”: .bed file; peak score is in fifth column
“床”：床文件;高峰得分在第五纵队。
“macs”: MACS .xls file
“互委会”：磁珠xls文件。
“swembl”: SWEMBL .peaks file
“swembl”：SWEMBL峰文件
“bayes”: bayesPeak file
“贝斯”：bayesPeak文件
“peakset”: peakset written out using pv.writepeakset
“peakset”：书面peakset出使用pv.writepeakset
“fp4”: FindPeaks v4
“FP4”：FindPeaks V4
参数：config
data frame containing sample sheet, or file name of config file to load when constructing a new DBA object from a sample sheet. NULL indicates no config file. Relevant fields include:
数据框包含样本表或文件名称，建设一个新的DBA对象从一个示例表时加载的配置文件。 NULL表示没有配置文件。相关领域包括：
RunParallel: logical indicating if counting and analysis operations should be run in parallel using multicore by default.
RunParallel：逻辑表示，如果计数和分析操作应在并行使用多核默认情况下运行。
RangedData: logical indicating if peaks should be RangedData objects by default.
RangedData：逻辑表示，如果峰应该是默认RangedData对象。
AnalysisMethod: either DBA_EDGER or DBA_DESEQ.
AnalysisMethod：要么DBA_EDGER或DBA_DESEQ。
参数：caller
if a sampleSheet is specified, the default peak file format that will be used if the PeakCaller column is absent.
如果sampleSheet指定，默认峰值文件格式，将用于，如果PeakCaller列缺席。
参数：skipLines
if a sampleSheet is specified, the number of lines (ie header lines) at the beginning of each peak file to skip.
如果指定sampleSheet线（即头线），在每个峰文件的开头跳过。
参数：bAddCallerConsensus
add a consensus peakset for each sample with more than one peakset (i.e. different peak callers) when constructing a new DBA object from a sample sheet.
建设新的DBA对象从一个示例表添加多个peakset（即不同的峰值呼叫者）为每个样品的的共识peakset时。
参数：bRemoveM
logical indicating whether to remove peaks on chrM (mitochondria) when constructing a new DBA object from a sample sheet.
逻辑表明是否要删除特征剩磁（线粒体）峰时，建设一个新的DBA对象从一个示例表。
参数：bRemoveRandom
logical indicating whether to remove peaks on chrN_random when constructing a new DBA object from a sample sheet.
逻辑表明是否上chrN_random删除高峰时兴建一个新的DBA对象从一个示例表。
参数：bCorPlot
logical indicating that a correlation heatmap should be plotted before returning
逻辑表示，应在返回之前绘制相关热图
参数：attributes
vector of attributes to use subsequently as defaults when generating labels in plotting functions:
向量的属性作为默认随后在绘图功能生成标签时使用：
DBA_ID
DBA_ID
DBA_TISSUE
DBA_TISSUE
DBA_FACTOR
DBA_FACTOR
DBA_CONDITION
DBA_CONDITION
DBA_REPLICATE
DBA_REPLICATE
DBA_CONSENSUS
DBA_CONSENSUS
DBA_CALLER
DBA_CALLER
DBA_CONTROL
DBA_CONTROL
Details
详情----------Details----------
MODE: Construct a new DBA object from a samplesheet:
模式：从samplesheet兴建一个新的DBA对象：
dba(sampleSheet, config, bAddCallerConsensus, bRemoveM, bRemoveRandom, attributes)
DBA（sampleSheet，配置，bAddCallerConsensus，bRemoveM，bRemoveRandom，属性）
MODE: Construct a DBA object based on an existing one:
模式：构建一个DBA基于一个现有的对象：
dba(DBA, mask, attributes)
DBA（数据库管理员，面罩，属性）
值----------Value----------
DBA object
DBA的对象
作者（S）----------Author(s)----------
Rory Stark and Gordon Brown
举例----------Examples----------
# Create DBA object from a samplesheet[从samplesheet创建对象的DBA]
setwd(system.file("extra", package="DiffBind"))
tamoxifen = dba(sampleSheet="tamoxifen.csv")
tamoxifen
#Create a DBA object with a subset of samples[创建一个样本的一个子集的DBA对象]
data(tamoxifen_peaks)
Responsive = dba(tamoxifen,tamoxifen$masks$Responsive)
Responsive
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发表于 2012-2-25 16:40:31
