R语言 DiffBind包 dba.show()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dba.show(DiffBind)
dba.show()所属R语言包：DiffBind

                                         List attributes of peaksets of contrasts associated with a DBA object
                                         与DBA的对象的对比peaksets名单属性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Returns attributes of peaksets and/or contrasts associated with a DBA object.
返回属性的peaksets和/或具有DBA对象相关联的对比。


用法----------Usage----------


dba.show(DBA, mask, attributes, bContrasts=FALSE, th=0.1, bUsePval=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：DBA
DBA object  
DBA的对象


参数：mask
mask of peaksets for which to get attributes (used when obtaining peakset attributes, i.e. bContrasts=FALSE).  
面具的peaksets得到属性（获得peakset属性，即bContrasts = FALSE，当使用）。


参数：attributes
attribute or vector of attributes to retrieve. Number of intervals is always shown. Used when obtaining peakset attributes, i.e. bContrasts=FALSE. Values:   
检索的属性的属性或向量。始终显示的间隔数。取得peakset属性时使用，即bContrasts为FALSE。值：

DBA_ID  
DBA_ID

DBA_TISSUE  
DBA_TISSUE

DBA_FACTOR  
DBA_FACTOR

DBA_CONDITION  
DBA_CONDITION

DBA_REPLICATE  
DBA_REPLICATE

DBA_CONSENSUS  
DBA_CONSENSUS

DBA_CALLER  
DBA_CALLER

DBA_CONTROL  
DBA_CONTROL


参数：bContrasts
logical indicating whether peaksets or contrast attributes are to be retrieved. TRUE retrieves a dataframe of contrast information instead of peakset attributes. If no contrasts are set, returns possible contrasts. See dba.contrast.  
逻辑表明是否要检索peaksets或对比属性。真检索的对比信息，而不是peakset属性dataframe。如果没有设置对比，返回可能的反差。看到dba.contrast。


参数：th
if bContrasts is TRUE, then th is used as the threshold for determining how many significant sites there are for each contrast. Only relevant when obtaining contrast attributes (bContrasts=TRUE) and dba.analyze has been run.  
如果bContrasts为TRUE，然后TH是用来确定每个对比有许多重大的网站的阈值。取得相反属性时，只有相关（bContrasts = TRUE），和dba.analyze已运行。


参数：bUsePval
logical indicating that p-values will be used (along with th) to determine how many significant sites there are for each contrast; if FALSE, adjusted p-values (FDR) are used. Only relevant when obtaining contrast attributes (bContrasts=TRUE) and dba.analyze has been run.  
逻辑表示p值将用于（日），以确定每个对比有许多重大的网站，如果是假的，调整后的P-值（FDR）的使用。取得相反属性时，只有相关（bContrasts = TRUE），和dba.analyze已运行。


Details

详情----------Details----------

MODE: Return attributes of peaksets associated with a DBA object:
模式：DBA的对象关联的peaksets返回属性：

dba.show(DBA, mask, attributes)
dba.show（DBA来说，面具，属性）

MODE: Return contrasts associated with a DBA object:
模式：与DBA的对象相关联的回报对比：

dba.show(DBA,bContrasts=T, th, bUsePval)
dba.show（DBA bContrasts = T，TH，bUsePval）


值----------Value----------

dataframe with peakset attributes.
dataframe与peakset属性。

If bContrasts == FALSE, each row represents a peakset, and each column is an attributes, with the final column, Intervals, indicating how many sites there are in the peakset.
如果==假bContrasts，每一行代表一个peakset，每一列是一个属性，最后一列，警告，指示有多少网站是在peakset。

If bContrasts == TRUE, each row represent a contrast, with the following columns:
如果bContrasts == TRUE时，每一行代表一个对比，下面的列：


参数：Group1
Label for first group of contrast
第一组对比的标签


参数：Members1
Number of samples in first group of contrast
对比第一组的样本数


参数：Group2
Label for first group of contrast
第一组对比的标签


参数：Members3
Number of samples in first group of contrast
对比第一组的样本数

if dba.analyze has been successfully run, there there will be up to two more columns showing the number of significant differentially bound (DB) sites identified for
如果dba.analyze已成功运行，将有两列呈现显着的差异绑定（DB）的网站数量


参数：DB.edgeR
Number of significantly differentially bound sites identified using edgeR
显著差异必然的网站数量确定使用磨边


参数：DB.DESeq
Number of significantly differentially bound sites identified using DESeq
显著差异必然的网站数量确定使用DESeq


作者（S）----------Author(s)----------



Rory Stark




举例----------Examples----------


data(tamoxifen_peaks)
dba.show(tamoxifen)
dba.show(tamoxifen,tamoxifen$masks$Responsive)
dba.show(tamoxifen,attributes=c(DBA_TISSUE,DBA_REPLICATE,DBA_CONDITION))

data(tamoxifen_counts)
tamoxifen = dba.contrast(tamoxifen)
dba.show(tamoxifen,bContrasts=TRUE)

#alternatively:[另外：]
tamoxifen

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