R语言 DiffBind包 dba.analyze()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dba.analyze(DiffBind)
dba.analyze()所属R语言包：DiffBind

                                         Perform differential binding affinity analysis
                                         执行差亲和力分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs differential binding affinity analysis
执行差的亲和力分析


用法----------Usage----------


dba.analyze(DBA, method=DBA$config$AnalysisMethod,
            bSubControl=TRUE, bFullLibrarySize=FALSE, bTagwise=TRUE,
            bCorPlot=TRUE,  bParallel=DBA$config$RunParallel)



参数----------Arguments----------

参数：DBA
DBA object. If no contrasts are specified (DBA$contrast is NULL), default contrasts will be added via a call to dba.contrast(DBA).  
DBA的对象。如果没有指定对比（DBA的美元对比是NULL），默认的对比将通过调用dba.contrast（DBA）的添加。


参数：method
method, or vector of methods, by which to analyze differential binding affinity. Supported methods:   
方法，或向量的方法，通过分析差的亲和力。支持的方法：

DBA_EDGER  
DBA_EDGER

DBA_DESEQ  
DBA_DESEQ


参数：bSubControl
logical indicating whether Control read counts are subtracted for each site in each sample before performing analysis.  
逻辑表明是否执行分析之前，每个网站在每个样品中减去控制读计数。


参数：bFullLibrarySize
logical indicating if the full library size (total number of reads in BAM/SAM/BED file) for each sample is used for scaling normalization. If FALSE, the total number of reads present in the peaks for each sample is used (generally preferable).  
如果全库大小为每个样本（总数BAM / SAM /床文件中读取）使用缩放标准化的逻辑表示。如果为FALSE，总数目前在每个样品使用（一般可取）的峰值读取。


参数：bTagwise
logical indicating if dispersion should be calculated on a tagwise (or per-condition) basis. If there are only a very few members of each group in a contrast (e.g. no replicates), this should be set to FALSE.  
逻辑指示应在tagwise（或每条件）的基础上计算，如果分散。如果有只有很少在对比各组的成员（例如，无重复），这应设置为FALSE。


参数：bCorPlot
logical indicating whether to plot a correlation heatmap for the analyzed data (first contrast only).  If no sites are significantly differentially bound using the default threholds, no heatmap will be plotted.  
逻辑表明是否绘制相关热图分析数据（第一只对比）。如果没有土地使用默认threholds显着的差异必然，没有热图将绘制。


参数：bParallel
logical indicating that the analyses is to be done in parallel using multicore (one process for each contrast for each method, plus an additional process per method).  
逻辑表示的分析是在并行使用多核（一个进程为每个每个方法的对比，加上每个方法的额外过程）。


Details

详情----------Details----------

See the DBA User Guide for more details on how the edgeR and DESeq analyses are carried out.  
看到的磨边和DESeq的分析是如何开展的更多细节，DBA用户指南。


值----------Value----------

DBA object with results of analysis added to DBA$contrasts.
DBA的与分析结果的对象添加到DBA的美元对比。


注意----------Note----------

If the "edgeR" method is specified, and there is a blocking factor for the contrast(s) specified using a previous call to dba.contrast, a multi-factor analysis will automatically be carried out in addition to a single factor analysis.
如果指定的“磨边机”的方法，有一个指定的对比度（S）以前的的调用dba.contrast，多因素分析将自动进行单因素分析，除了使用的阻塞因素。


作者（S）----------Author(s)----------



Rory Stark




举例----------Examples----------


data(tamoxifen_counts)

tamoxifen = dba.analyze(tamoxifen)
tamoxifen

tamoxifen = dba.analyze(tamoxifen,method=c(DBA_EDGER,DBA_DESEQ))
tamoxifen

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