fitDispersionFunction(DEXSeq)
fitDispersionFunction()所属R语言包:DEXSeq
Fit the mean-variance function.
适合的均值 - 方差函数。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function fits a parametric model of the mean-dispersion relationship to the per-gene estimates of mean \hat{μ} and dispersion \hat{α}. The parametric
此功能适合每个基因平均\hat{μ}和分散\hat{α}估计参数模型的平均色散关系。参数化
where μ is the mean, α the dispersion and α_1 and α_0 are two parameters. After this, for each exon, the maximum between the per-gene estimate \hat{α} and the modelled value \hat{α}_1/\hat{μ} + \hat{α}_0 is stored in fData$dispersion.
其中μ平均α分散和α_1和α_0两个参数。在此之后,每个外显子,每个基因的估计之间的最大\hat{α}和模拟值\hat{α}_1/\hat{μ} + \hat{α}_0被储存在fData$dispersion。
用法----------Usage----------
fitDispersionFunction(ecs)
参数----------Arguments----------
参数:ecs
An ExonCountSet object.
一个ExonCountSet的对象。
值----------Value----------
An ExonCountSet object with information of the fit included, as well as fData(ecs)$dispersion filled.
一个合适的信息ExonCountSet对象包括,以及fData(ecs)$dispersion填补的。
举例----------Examples----------
data("pasillaExons", package="pasilla")
pasillaExons <- estimateSizeFactors( pasillaExons )
pasillaExons <- estimateDispersions( pasillaExons )
pasillaExons <- fitDispersionFunction( pasillaExons )
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