R语言 DEXSeq包 DEXSeqHTML()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DEXSeqHTML(DEXSeq)
DEXSeqHTML()所属R语言包：DEXSeq

                                        HTML report writer
                                         HTML报表编写

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function generates an HTML report from the results from  testForDEU saved in an ExonCountSet object. It uses the information from the function  DEUresultTable and plotting from plotDEXSeq. This gives an easy way of exploring the results of the tests.
这个函数从从testForDEU保存在ExonCountSet对象的结果生成HTML报告。它使用的功能DEUresultTable和plotDEXSeq绘制的信息。这给出了一个简单的方法探索的测试结果。


用法----------Usage----------


DEXSeqHTML(ecs, geneIDs=NULL, path="DEXSeqReport", file="testForDEU.html",
     fitExpToVar="condition", FDR=0.1, color=NULL, color.samples=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：ecs
An ExonCountSet object
一个ExonCountSet对象


参数：geneIDs
A character vector of gene identificators to be included in the report.  If left NULL, the genes included in the report will be the significant hits at the given false discovery rate. See "FDR" below.
被列入报告中的基因identificators特征向量。如果为NULL，在报告中包含的基因会在给定的错误发现率显着命中。见下面的“FDR”。


参数：path
A path in the system where to write the report.  
在系统中的路径写报告。


参数：file
The name of the html file.  
HTML文件的名称。


参数：fitExpToVar
A variable contained in the design of the ecs; the counts  will be fitted to this variable to get the plotting values. (See plotDEXSeq for details.  
变量中包含的设计精英;计数将被安装到这个变量得到图值。 （见plotDEXSeq详情。


参数：FDR
A false discovery rate for the result.
一个虚假的结果发现率。


参数：color
A vector of colors, one for each of the levels of the values of "fitExpToVar".
各种颜色的向量，为每一个值“fitExpToVar”的水平。


参数：color.samples
A vector of colors for each of the samples. If NULL, the colors  of each sample will be asigned according to its corresponding  condition. Useful to visualize complex experimental designs.  
每个样品的颜色向量。如果为NULL，每个样品的颜色将根据其相应的条件asigned。有用的可视化复杂的实验设计。


值----------Value----------

This function will write an HTML report in the directory specified by 'path'.  There, it will create an html file with the initial report page and a  directory called "files" in which SCG files with the plots and other html files are placed.  To see an example please visit  http://www.embl.de/~reyes/DEXSeqReport/testForDEU.html.
此功能将写在“路径”中指定的目录中的HTML报告。在那里，它将与初步报告页，名为“文件”中，上海建工的土地和其他HTML文件的文件都放在一个目录中创建的HTML文件。看到一个例子，请访问http://www.embl.de/~雷耶斯/ DEXSeqReport / testForDEU.html的。


参见----------See Also----------

hwrite
hwrite


举例----------Examples----------


        ## Not run: [＃无法运行：]
           data("pasillaExons", package="pasilla")
           pasillaExons <- estimateSizeFactors( pasillaExons )
           pasillaExons <- estimateDispersions( pasillaExons )
           pasillaExons <- fitDispersionFunction( pasillaExons )
           pasillaExons <- testForDEU( pasillaExons )
           DEXSeqHTML( pasillaExons )
        
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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