R语言 DESeq包 nbinomGLMTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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nbinomGLMTest(DESeq)
nbinomGLMTest()所属R语言包：DESeq

                                         Perform chi-squared tests comparing two sets of GLM fits
                                         执行卡方测试，比较两组的GLM适合

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For each gene, the function calculates a chi-square p value by simply calculating: 1 - pchisq(resReduced$deviance - resFull$deviance, attr(resReduced,      "df.residual") - attr(resFull, "df.residual"))
对于每一个基因，该函数计算卡方的p值通过简单的计算：1 - pchisq(resReduced$deviance - resFull$deviance, attr(resReduced,      "df.residual") - attr(resFull, "df.residual"))


用法----------Usage----------


nbinomGLMTest(resFull, resReduced)



参数----------Arguments----------

参数：resFull, resReduced
GLM fit data frames, as returned by fitNbinomGLMs, first the full, then the reduced model.  
的GLM合适的数据框，因为返回fitNbinomGLMs，先满，然后减少模型。


值----------Value----------

a vector of p values
p值向量


作者（S）----------Author(s)----------



Simon Anders, anders@embl.de




参见----------See Also----------

fitNbinomGLMs
fitNbinomGLMs


举例----------Examples----------


cds <- makeExampleCountDataSet()[ 1:100, ]
cds <- estimateSizeFactors( cds )
cds <- estimateDispersions( cds, method="pooled" )
fit1 <- fitNbinomGLMs( cds, count ~ condition )
fit0 <- fitNbinomGLMs( cds, count ~ 1 )
nbinomGLMTest( fit1, fit0 )

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