R语言 DESeq包 estimateSizeFactorsForMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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estimateSizeFactorsForMatrix(DESeq)
estimateSizeFactorsForMatrix()所属R语言包：DESeq

                                         Low-level function to estimate size factors with robust regression.
                                         低级函数与稳健回归估计大小的因素。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a matrix or data frame of count data, this function estimates the size factors  as follows: Each column is divided by the geometric means of the rows. The median (or, ir requested, another location estimator) of these ratios (skipping the genes with a geometric mean of zero) is used as the size factor for this column.
鉴于矩阵或数据框的计数数据，这个功能估计大小因素如下：每列行的几何方法划分。这些比率中位数（或IR要求，另一个位置估计）（跳过为零的几何平均数的基因）被用作此列的大小因素。

Typically, you will not call this function directly, but use estimateSizeFactors.
通常情况下，你不会直接调用此功能，但使用estimateSizeFactors。


用法----------Usage----------


estimateSizeFactorsForMatrix( counts, locfunc=median)



参数----------Arguments----------

参数：counts
a matrix or data frame of counts, i.e., non-negative integer values  
矩阵的计数或数据框，即非负整数的值


参数：locfunc
a function to compute a location for a sample. By default, the median is used. However, especially for low counts, the shorth may give better results.  
一个函数来计算样品的位置。默认情况下，中位数。然而，尤其是低计数，shorth可能得到更好的结果。


值----------Value----------

a vector with the estimates size factors, one element per column
与估计大小因素的向量，每列的一个元素


作者（S）----------Author(s)----------



Simon Anders, sanders@fs.tum.de




参见----------See Also----------

estimateSizeFactors
estimateSizeFactors


举例----------Examples----------


cds <- makeExampleCountDataSet()
estimateSizeFactorsForMatrix( counts(cds) )

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注：
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