dispTable(DESeq)
dispTable()所属R语言包:DESeq
Accessor function for the dispTable information in a CountDataSet
为,在CountDataSet dispTable信息的存取函数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The dispersion table ("dispTable") is a named vector that assigns to each condition (as name) a dispersion column (as value). If nbinomTest is called to compare two conditions, say "A" and "B", DESeq looks up in the dispTable, which dispersion columns to use. In the standard case (see example), these are just the dispersions for "A" and "B", i.e., the columns disp_A and disp_B in fData(object). If the "pooled" or "blind" variance estimation is used, all conditions are assigned the same column.
色散的表(“dispTable)是一个名为向量,分配给每个条件(名)分散列(值)。 nbinomTest被称为比较两个条件,说的“A”和“B”,DESeq看起来在dispTable,使用分散列。在标准情况下(见例子),这些都只是分散的“A”和“B”,即,列disp_A和disp_BfData(object)。如果“合并”或“盲点”方差估计,所有条件都分配相同的列。
用法----------Usage----------
dispTable(object,...)
参数----------Arguments----------
参数:object
a CountDataSet
1 CountDataSet
参数:...
further argumnts are ignored
被忽略进一步argumnts
作者(S)----------Author(s)----------
Simon Anders, sanders@fs.tum.de
参见----------See Also----------
estimateDispersions, nbinomTest
estimateDispersions,nbinomTest
举例----------Examples----------
cds <- makeExampleCountDataSet()
cds <- estimateSizeFactors( cds )
cds <- estimateDispersions( cds )
dispTable( cds )
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注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
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