R语言 DEGseq包 samWrapper()函数中文帮助文档(中英文对照)

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samWrapper(DEGseq)
samWrapper()所属R语言包：DEGseq

                                        samWrapper: A Wrapper (with some modification) of the functions in the package samr  to identify differentially expressed genes for the RNA-seq data from two
                                         samWrapper：一个功能，以确定从两个差异表达基因的RNA-seq的数据包SAMR包装（一些修改）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is a wrapper of the functions in samr. It is used to identify differentially expressed genes  for two sets of samples with multiple replicates or two groups of samples from different individuals (e.g. disease samples vs. control samples). For the advanced users, please see samr http://cran.r-project.org/web/packages/samr/index.html for detail.
此功能是的SAMR功能的包装。它是用来识别多个复制或两个组，从不同的个人（如疾病样品与对照样品）样品两套样本的差异表达基因。对于高级用户，请看到细节SAMR http://cran.r-project.org/web/packages/samr/index.html。


用法----------Usage----------


samWrapper(geneExpFile1, geneCol1=1, expCol1=2, measure1=rep(1, length(expCol1)),
           geneExpFile2, geneCol2=1, expCol2=2, measure2=rep(2, length(expCol2)),
           header=TRUE, sep="", paired=FALSE, s0=NULL, s0.perc=NULL, nperms=100,
           testStatistic=c("standard","wilcoxon"), max.qValue=1e-3, min.foldchange=0,
           logged2=FALSE, output)



参数----------Arguments----------

参数：geneExpFile1
file containing gene expression values for group1.
为group1的文件，其中包含的基因表达值。


参数：geneCol1
gene id column in geneExpFile1.
基因在geneExpFile1 ID列。


参数：expCol1
expression value columns in geneExpFile1. See the example.
在geneExpFile1表达式的值列。见的例子。


参数：measure1
numeric vector of outcome measurements for group1. <br> like c(1,1,1...) when paired=FALSE, <br> or like c(-1,-2,-3,...) when paired=TRUE.  
数字矢量group1的结果测量。像C参考（1,1,1 ......）paired=FALSE，参考或像C（-1，-2，-3，...）时paired=TRUE。


参数：geneExpFile2
file containing gene expression values for group2.
为Group2的文件，其中包含的基因表达值。


参数：geneCol2
gene id column in geneExpFile2.
基因在geneExpFile2 ID列。


参数：expCol2
expression value columns in geneExpFile2. See the example.
在geneExpFile2表达式的值列。见的例子。


参数：measure2
numeric vector of outcome measurements for group2. <br> like c(2,2,2...) when paired=FALSE, <br> or like c(1,2,3,...) when paired=TRUE.  
Group2的结果测量数值向量。像C参考（2,2,2 ......）paired=FALSE，参考或像C（1,2,3，...）时paired=TRUE。


参数：header
a logical value indicating whether geneExpFile1 and geneExpFile2 contain the names of the variables as its first line. See ?read.table.
一个逻辑值，该值指示是否geneExpFile1和geneExpFile2包含的变量的名称作为其第一线。看到?read.table。


参数：sep
the field separator character. If sep = "" (the default for read.table) the separator is white space, that is one or more spaces, tabs, newlines or carriage returns. See ?read.table.
字段分隔符。如果SEP =“（为read.table默认的）分隔是空白，这是一个或多个空格，制表符，换行符或回车。看到?read.table。


参数：paired
a logical value indicating whether the samples are paired.
一个逻辑值，指明是否配对样本。


参数：s0
exchangeability factor for denominator of test statistic; Default is automatic choice.
可交换性因素，为检验统计量的分母;默认是自动选择。


参数：s0.perc
percentile of standard deviation values to use for s0; default is automatic choice;  <br> -1 means s0=0 (different from s0.perc=0, meaning s0=zeroeth percentile of standard  <br> deviation values= min of sd values.
使用的标准偏差值的百分S0;默认是自动选择;参考-1表示S0 = 0（不同从s0.perc = 0，S0 =第0个百分参考标准偏差值=分钟的SD值。


参数：nperms
number of permutations used to estimate false discovery rates.
用来估计错误发现率排列。


参数：testStatistic
test statistic to use in two class unpaired case. Either "standard" (t-statistic)  <br> or "wilcoxon" (Two-sample wilcoxon or Mann-Whitney test). <br> recommend "standard".
测试统计，在两个类未成的情况下使用。要么"standard"（t-统计）参考或"wilcoxon"（两样本秩或Mann-Whitney检验）。参考建议"standard"。


参数：max.qValue
the max qValue desired; shoube be <1.
所需的最大qValue; shoube <1。


参数：min.foldchange
the minimum fold change desired; should be >1. <br> default is zero, meaning no fold change criterion is applied.
所需的最低倍;应该> 1。参考默认值是零，这意味着没有褶皱改变标准的应用。


参数：logged2
a logical value indicating whether the expression values are logged2.
一个逻辑值，指明表达式的值是否是logged2。


参数：output
the output file.
输出文件。


参考文献----------References----------





参见----------See Also----------

DEGexp, DEGseq, GeneExpExample1000, GeneExpExample5000.
DEGexp，DEGseq，GeneExpExample1000，GeneExpExample5000。


举例----------Examples----------


  ## If the data files are collected in a zip archive, the following[＃如果数据文件被收集在一个zip档案，以下]
  ## commands will first extract them to the temporary directory.[＃命令首先将它们解压到临时目录。]
  
  geneExpFile <- system.file("extdata", "GeneExpExample1000.txt", package="DEGseq")
  set.seed(100)
  geneExpFile1 <- geneExpFile
  geneExpFile2 <- geneExpFile
  output <- file.path(tempdir(), "samWrapperOut.txt")
  exp <- readGeneExp(file=geneExpFile, geneCol=1, valCol=c(7,9,12,15,18))
  exp[30:35,]
  exp <- readGeneExp(file=geneExpFile, geneCol=1, valCol=c(8,10,11,13,16))
  exp[30:35,]
  samWrapper(geneExpFile1=geneExpFile1, geneCol1=1, expCol1=c(7,9,12,15,18), measure1=c(-1,-2,-3,-4,-5),
             geneExpFile2=geneExpFile2, geneCol2=1, expCol2=c(8,10,11,13,16), measure2=c(1,2,3,4,5),
             nperms=100, min.foldchange=2, max.qValue=1e-4, output=output, paired=TRUE)
  cat("output:", output, "\n")

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