R语言 DEGraph包 writeAdjacencyMatrix2KGML()函数中文帮助文档(中英文对照)

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writeAdjacencyMatrix2KGML(DEGraph)
writeAdjacencyMatrix2KGML()所属R语言包：DEGraph

                                        Writes an adjacency matrix into an XML file
                                         写入到一个XML文件的邻接矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Writes an adjacency matrix into an XML file.
写入到一个XML文件中的邻接矩阵。


用法----------Usage----------


writeAdjacencyMatrix2KGML(mat, pathname, nodePrefix="n", overwrite=FALSE, ..., verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：mat
A matrix, interpreted of the adjacency matrix of a graph.
一个matrix，图的邻接矩阵的解释。


参数：pathname
The full path name of the XML file to be written.
要写入XML文件的完整路径名。


参数：nodePrefix
A character value giving the prefix to which the node index in 'mat' will be appended.
一个character值给节点的索引垫将被追加的前缀。


参数：overwrite
If TRUE and file already exists, overwrite it.
如果TRUE和文件已经存在，覆盖它。


参数：...
Further arguments to be passed to plotKEGGgraph.
被传递到plotKEGGgraph的进一步论据。


参数：verbose
If TRUE, extra information is output.
如果TRUE，输出额外的信息。


值----------Value----------

None.
没有。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Jacob, Pierre Neuvial and Sandrine Dudoit



参见----------See Also----------

parseKGML2Graph
parseKGML2Graph


举例----------Examples----------


library("KEGGgraph")
library("rrcov")

## Create a random graph[＃创建一个随机图]
graph <- randomWAMGraph(nnodes=5, nedges=7, verbose=TRUE)
plot(graph)

## Retrieve its adjacency matrix[＃找回它的邻接矩阵]
A <- graph@adjMat

## write it to KGML file[＃写KGML文件的]
grPathname <- "randomWAMGraph.xml"
writeAdjacencyMatrix2KGML(A, pathname=grPathname, verbose=TRUE, overwrite=TRUE)

## read it from file[＃从文件中读取]
gr <- parseKGML2Graph(grPathname)

## Two examples of Laplacians from the same graph[＃两个例子相同的图的拉普拉斯]
lapMI <- laplacianFromA(A, ltype="meanInfluence")
print(lapMI)

lapN <- laplacianFromA(A, ltype="normalized")
print(lapN)

U <- lapN$U
p <- nrow(A)
sigma <- diag(p)/sqrt(p)

X <- twoSampleFromGraph(100, 120, shiftM2=1, sigma, U=U, k=3)

## T2[＃T2的]
t <- T2.test(X$X1,X$X2)
str(t)

tu <- graph.T2.test(X$X1, X$X2, lfA=lapMI, k=3)
str(tu)

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