R语言 DEGraph包 getKEGGPathways()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getKEGGPathways(DEGraph)
getKEGGPathways()所属R语言包：DEGraph

                                        Builds a graph for each of the KEGG pathways
                                         建立一个KEGG通路图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Builds a graph for each of the KEGG pathways.
建立一个为每个KEGG通路图。


用法----------Usage----------


getKEGGPathways(path=NULL, rootPath="networkData/ftp.genome.jp/pub/kegg/xml/kgml", organism="hsa", metaTag=c("non-metabolic", "metabolic"), pattern=NULL, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：path
A character value, the local _full_ path of KGML data.
一个的character价值的KGML数据的地方_full_路径。


参数：rootPath
A character value, the local _root_ path of KGML data.
一个的character价值的KGML数据的地方_root_路径。


参数：organism
A character value specifying the organism whose pathways should be considered. Defaults to "hsa" (Homo Sapiens).
一个character值指定的有机体，其应考虑的途径。默认为“奇闻”（智人）。


参数：metaTag
A character value, specifying the type of pathways to be considered ("metabolic" or "non-metabolic"). Defaults to "non-metabolic".
一个character值，指定要考虑的途径（“代谢”或“非代谢”）。 “非代谢”的默认。


参数：pattern
An optional character value specifying a file name pattern to look for.
一个可选的character值，指定一个文件名模式，寻找。


参数：verbose
If TRUE, extra information is output.
如果TRUE，输出额外的信息。


Details

详情----------Details----------

If 'path' is supplied, KGML files in this directory are loaded. Otherwise, KGML files are assumed to be in <rootPath>/<metaTag>/"organisms"/<organism>, which mirrors the structure of the KEGG KGML file repository.
如果提供的“路径”，在此目录中的文件KGML加载。否则，KGML的文件被假定为<rootPath> / <metaTag> /“生物体”/ <organism>的，这反映了KEGG KGML档案库的结构。


值----------Value----------

A list containing a graph object for each KEGG pathway with at least one edge.
一个listgraph对象包含每个至少有一个边缘KEGG通路。“


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Jacob, Pierre Neuvial and Sandrine Dudoit



参见----------See Also----------

parseKGML KEGGpathway2Graph
parseKGMLKEGGpathway2Graph


举例----------Examples----------


library("Rgraphviz")
library("KEGGgraph")

## example of KGML files[＃例如KGML文件]
path <- system.file("extdata", package="KEGGgraph")
grList <- getKEGGPathways(path=path, verbose=TRUE)
print(grList)

graph <- grList[[1]]
plotKEGGgraph(graph)

## Not run: [＃无法运行：]
  ## Download all human KGML pathways locally[＃下载本地所有人类KGML途径]
  pathname <- system.file("downloadScripts", "downloadKeggXmlFiles.R", package="DEGraph")
  source(pathname)

  ## Load some of them[＃加载其中的一些]
  grList <- getKEGGPathways(pattern="040", verbose=TRUE)
  print(grList)

  graph <- grList[[1]]
  plotKEGGgraph(graph)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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