topgenes(DEDS)
topgenes()所属R语言包：DEDS
Table of Top Genes from DEDS
DEDS的热门基因的表
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
topgenes prints a table of top-ranked genes by
topgenes打印排名第一的基因表
用法----------Usage----------
topgenes(obj, number = 10, genelist = NULL, sort.by = c("deds", colnames(obj$stats[,-1])), tail = c("abs", "lower", "higher"))
参数----------Arguments----------
参数：obj
An object of DEDS
一个DEDS的对象
参数：number
A numeric variable specifying the number of top genes to be printed out.
一个数字变量指定要打印的顶级基因的数量。
参数：genelist
A data.frame or a vector containing gene names.
数据框或向量的基因名称。
参数：sort.by
A character string specifying the name of the statistic to sort genes by. The default uses the DEDS result, the user can also choose from the names of the statistics (or unadjusted p values) that DEDS is used to summarize.
一个字符串，指定名称的统计排序基因。默认使用DEDS的结果，用户还可以选择从名称（或未经调整的p值）的统计，DEDS的使用总结。
参数：tail
A character string specifying the type of rejection region.<br> If side="abs", two-tailed tests, genes are ranked by their absolute values. <br> If side="higher", one-tailed tests, genes are ranked decreasingly. <br> If side="lower", one-tailed tests, genes are ranked increasingly.
如果side="abs"，双尾检验，基因是由它们的绝对值排名的一个字符串指定排斥反应的区域类型。参考。如果side="higher"，单尾试验，基因的排名少地的参考。如果side="lower"，单尾测试，基因的排名越来越多的参考。
Details
详情----------Details----------
The function topgenes accepts a DEDS object as the first argument. The DEDS class is a simple list-based class to store DEDS results. The list contains a "stat" component, which stores statistics or unadjusted p-values from various statistical tests. The function topgenes.DEDS extracts the "stat" component and prints out the top genes according to the user defined criterion – usually by DEDS or by a single statistical measure that DEDS summarizes.
功能topgenes接受一个DEDS作为第一个参数对象。 DEDS类是一个简单的基于列表的类来存储DEDS的结果。列表中包含“统计”的组成部分，存储统计或调整从各种统计测试p值。功能topgenes.DEDS根据用户定义的标准提取出顶级基因“STAT”的组成部分，并打印 - 通常由DEDS的或由一个单一的统计测度DEDS的总结。
值----------Value----------
A data.frame with rows for selected genes, and columns for the "stat" matrix and q- or adjusted p-values from DEDS.
一个数据框行选定的基因，并为“STAT”矩阵和Q或调整DEDS的P-值的列。
作者（S）----------Author(s)----------
Yuanyuan Xiao, <a href="mailto:yxiao@itsa.ucsf.edu">yxiao@itsa.ucsf.edu</a>, <br>
Jean Yee Hwa Yang, <a href="mailto:jean@biostat.ucsf.edu">jean@biostat.ucsf.edu</a>.
参见----------See Also----------
deds.stat.linkC, deds.pval
deds.stat.linkC，deds.pval
举例----------Examples----------
X <- matrix(rnorm(1000,0,0.5), nc=10)
L <- rep(0:1,c(5,5))
# genes 1-10 are differentially expressed[差异表达基因的1-10]
X[1:10,6:10]<-X[1:10,6:10]+1
# DEDS summarizing t, fc and sam[DEDS的总结T，FC和sam]
d <- deds.stat.linkC(X, L, B=200)
# top table, ranked by DEDS[顶级表，DEDS的排名]
topgenes(d)
# top table, ranked by t[顶级表，排名由T]
topgenes(d, sort.by="t")
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发表于 2012-2-25 16:23:54
