R语言 DEDS包 deds.pval()函数中文帮助文档(中英文对照)

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deds.pval(DEDS)
deds.pval()所属R语言包：DEDS

                                        Differential Expression via Distance Summary of p Values from
                                         通过远程P值摘要的差异表达

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

deds.pval integrates different p values of differential expression (DE) to rank and select a set of DE genes.
deds.pval集成不同的p差异表达（DE）的排名和选择一套DE的基因值。


用法----------Usage----------


deds.pval(X, E = rep(0, ncol(X)), adj = c("fdr", "adjp"), B = 200, nsig = nrow(X))



参数----------Arguments----------

参数：X
A matrix, with m rows corresponding to variables (hypotheses) and n columns corresponding to p values from different statistical models.
与m行相应的变量（假设）和n列p值从不同的统计模型相应的矩阵。


参数：E
A numeric vector indicating the location of the most extreme p values in the direction of differential expression.
一个数值向量，表示最极端的p中差异表达的方向值的位置。


参数：adj
A character string specifying the type of multiple testing adjustment. <br> If adj="fdr", False Discovery Rate is controlled and q values are returned. <br> If adj="adjp", adjusted p values that controls family wise type I error rate is returned.
一个字符串指定多个测试调整的类型。如果adj="fdr"，虚假的发现率，控制和返回Q值的参考。 <br>如果adj="adjp"，调整p值，控制我的错误率则返回家庭明智的类型。


参数：B
The number of permutations. For a complete enumeration, B should be 0 (zero) or any number not less than the total number of permutations.
排列数。对于一个完整的枚举，B应该是0（零）或任何数量不超过总数的排列。


参数：nsig
A numeric variable specifying the number of top genes that will be returned.
一个数字变量指定将返回顶端基因的数量。


Details

详情----------Details----------

deds.pval summarizes p values from multiple statistical models for the evidence of DE. The DEDS methodology treats each gene as a point corresponding to a gene's vector of DE measures. An "extreme origin" is defined as the point that indicate DE, typically a vector of zero p values. The  distance from all points to the extreme is computed and the ranking of a gene for DE is determined by the closeness of the gene to the extreme. To determine a cutoff for declaration of DE, null referent distributions are generated using an approach similar to the gap statistic (see Reference below). DEDS can also summarize different statistics, see deds.stat and deds.stat.linkC.
deds.pval总结从多个统计模型pDE的证据价值。 DEDS的方法对待每一个基因的一个点对应一个基因的向量DE的措施。表明德，通常是一个零p值向量的点被定义为一个“极端的起源”。从所有点到了极点的距离计算，确定为DE基因的排名是由基因发挥到了极致的亲密。要确定DE的申报截止，空指涉分布产生的使用方法类似的差距统计（见下面的参考）。 DEDS的也可以总结不同的统计资料，看到deds.stat和deds.stat.linkC。


值----------Value----------

An object of class DEDS. See DEDS-class.
对象类DEDS。看到DEDS-class。


作者（S）----------Author(s)----------


Yuanyuan Xiao, <a href="mailto:yxiao@itsa.ucsf.edu">yxiao@itsa.ucsf.edu</a>, <br>
Jean Yee Hwa Yang, <a href="mailto:jean@biostat.ucsf.edu">jean@biostat.ucsf.edu</a>.




参考文献----------References----------

number of clusters in a dataset via the gap statistic. Department of Statistics,  Stanford University, http://www-stat.stanford.edu/~tibs/ftp/gap.ps
genes from microarray experiment by sets of statistics. Bioinformatics 2005 21:1084-1093.

参见----------See Also----------

deds.stat, deds.stat.linkC.
deds.stat，deds.stat.linkC。

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