R语言 DECIPHER包 IdLengths()函数中文帮助文档(中英文对照)

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IdLengths(DECIPHER)
IdLengths()所属R语言包：DECIPHER

                                         Determine the Number of Bases, Nonbases, and Width of Each Sequence
                                         确定碱基，Nonbases，每个序列的宽度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Counts the number of bases (A, C, G, T) and ambiguities/degeneracies in each sequence.
计算碱基（A，C，G，T）和含糊之处/每个序列退化。


用法----------Usage----------


IdLengths(dbFile,
          tblName = "DNA",
          identifier = "",
          add2tbl = FALSE,
          verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：dbFile
A SQLite connection object or a character string specifying the path to the database file.  
一个SQLite连接对象或一个字符串指定的数据库文件的路径。


参数：tblName
Character string specifying the table where the sequences are located.  
字符串指定序列表。


参数：identifier
Optional character string used to narrow the search results to those matching a specific identifier.  If "" then all identifiers are selected.  
可选的字符串匹配一个特定的标识符用来缩小搜索结果。 “”如果所有标识符选择。


参数：add2tbl
Logical or a character string specifying the table name in which to add the result.  
逻辑或一个字符串，指定要在其中添加结果表名。


参数：verbose
Logical indicating whether to display progress.  
逻辑表明是否显示进度。


值----------Value----------

A data.frame with the number of bases, nonbases, and width of each sequence.  The width is defined as the sum of bases and nonbases in each sequence.  The row.names of the data.frame correspond to the "row_names" in the tblName of the dbFile.
一个data.framebasesnonbases，width每个序列。 width被定义为一笔bases和nonbases每个序列。 row.namesdata.frame对应的的“row_names”tblNamedbFile。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




参见----------See Also----------

Add2DB
Add2DB


举例----------Examples----------


db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
l <- IdLengths(db)

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