R语言 DECIPHER包 IdConsensus()函数中文帮助文档(中英文对照)

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IdConsensus(DECIPHER)
IdConsensus()所属R语言包：DECIPHER

                                         Create Consensus Sequences by Groups
                                         创建组的一致序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Forms a consensus sequence representing the sequences in each group.
形成了一个共识序列，代表各组序列。


用法----------Usage----------


IdConsensus(dbFile,
            tblName = "DNA",
            identifier = "",
            colName = "cluster",
            add2tbl = FALSE,
            verbose = TRUE,
            ...)



参数----------Arguments----------

参数：dbFile
A SQLite connection object or a character string specifying the path to the database file.  
一个SQLite连接对象或一个字符串指定的数据库文件的路径。


参数：tblName
Character string specifying the table in which to form consensus.  
字符串指定表中形成共识。


参数：identifier
Optional character string used to narrow the search results to those matching a specific identifier.  If "" then all identifiers are selected.  
可选的字符串匹配一个特定的标识符用来缩小搜索结果。 “”如果所有标识符选择。


参数：colName
Column containing the group name of each sequence.  
列包含每个序列的组名称。


参数：add2tbl
Logical or a character string specifying the table name in which to add the result.  
逻辑或一个字符串，指定要在其中添加结果表名。


参数：verbose
Logical indicating whether to display progress.  
逻辑表明是否显示进度。


参数：...
Additional arguments to be passed directly to ConsensusSequence.  
额外的参数直接传递到ConsensusSequence。


Details

详情----------Details----------

Creates a consensus sequence for each of the distinct groups defined in colName.  The resulting DNAStringSet contains as many consensus sequences as there are groups in colName.  For example, it is possible to create a set of consensus sequences with one consensus sequence for each "id" or "cluster".
创建一个定义在colName每个不同群体的共识序列。由此产生的DNAStringSet包含许多共识序列有colName组。例如，它有可能创造一个共识序列每个"id"或"cluster"一套一致序列。


值----------Value----------

A DNAStringSet object containing the consensus sequence for each group.  The names of the DNAStringSet contain the number of sequences and name of each group.
一个DNAStringSet对象，其中包含每个组的一致序列。 namesDNAStringSet包含了各组的序列和名称。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




参见----------See Also----------

Seqs2DB
Seqs2DB


举例----------Examples----------


db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
con <- IdConsensus(db, colName="id")
BrowseSequences(con, colorBases=TRUE)

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