R语言 DAVIDQuery包 DAVIDQuery()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DAVIDQuery(DAVIDQuery)
DAVIDQuery()所属R语言包：DAVIDQuery

                                         DAVIDQuery
                                         DAVIDQuery

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Launch a query against DAVID, the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery.  Return the results into an R object.
启动对国宝，诠释，可视化和综合愉数据库的查询。结果返回到一个R对象。


用法----------Usage----------


DAVIDQuery(ids = "O00161,O75396", type = "UNIPROT_ACCESSION", annot, tool, URLlengthLimit = 2048,
details = TRUE, verbose = FALSE, writeHTML = FALSE, testMe = FALSE, graphicMenu = FALSE,  formatIt = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：ids
IDs for desired objects, as a character vector or as a single string with ids separated by ",".  To be passed to the DAVID website, the format has to be the latter.
所需的对象的ID，作为一个特征向量或作为单个字符串“，”分隔的ID。要传递给大卫网站，格式是后者。


参数：type
Type of input ids. If missing, a menu is contructed from the R object DAVIDTypeChoices.  See http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html#input_list for up-to-date choices.   
输入IDS类型。如果缺少一个菜单会应用R对象DAVIDTypeChoices。见http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html~~V最新选择＃input_list。


参数：annot
Type of annotation requested. If missing, a menu is contructed from the R object DAVIDAnnotChoices.  See http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html#input_list for up-to-date choices.   
注释类型的要求。如果缺少一个菜单会应用R对象DAVIDAnnotChoices。见http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html~~V最新选择＃input_list。


参数：tool
Type of gene tool to use. If missing, a menu is contructed from the R object DAVIDToolChoices.  See http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html#input_list for up-to-date choices.  As of this writing, the tool choices corresponding to the Functional Annotation tools cannot be handled by this package.  
使用基因工具的类型。如果缺少一个菜单会应用R对象DAVIDToolChoices。见http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html~~V最新选择＃input_list。作为这个写作，工具选择相应的功能注释工具不能处理这个包。


参数：URLlengthLimit
Published maximum length of the constructed URL.  
发表构造的URL最大长度。


参数：details
If TRUE (default), a list of intermediate results is returned;  otherwise, just the final query result.  
如果为TRUE（默认），中间结果的列表，则返回，否则，只是最终的查询结果。


参数：verbose
If TRUE (default is FALSE), more debugging information is printed.  
如果为TRUE（默认为false），更多的调试信息被打印出来。


参数：writeHTML
If TRUE (default is FALSE), write the received intermediate HTML to files.  
如果为TRUE（默认为false），写中间的HTML文件。


参数：testMe
If TRUE (default is FALSE), assign default valuse and run.  
如果为TRUE（默认为false），指定默认的价值观和运行。


参数：graphicMenu
If TRUE (default is FALSE), use a GUI window for the pick menus.  
如果为TRUE（默认为false），挑菜单使用一个GUI窗口。


参数：formatIt
If TRUE (default), try to interpret the returned character table and structure the result. If false, the unadorned character table returned by DAVID.
如果为TRUE（默认），试图解释返回的字符表和结构的结果。如果为false，朴实的字符表返回国宝。


Details

详情----------Details----------

The API described at http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html is used.  The return is screen-scraped, a new URL is formulated and transmitted, again the return is screen-scraped to find the name of the results file, and finally that file is retrieved into a string matrix.  
API用于http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html描述。回报屏幕刮，制定一个新的URL和传输，再返回的是屏幕刮找到结果文件的名称，最后该文件将被检索到一个字符串矩阵。

Obviously this approach is brittle, but it has survived the 2008 DAVID update. A real API would be better, of course.
显然，这种做法是脆的，但它已经存活了2008年的国宝更新。一个真正的API会更好，当然。

The return value DAVIDQueryResult is just a character matrix.  Its content structure depends on the choices of tool and annotation arguments, so there has been no attempt to manipulate it into, say, a data frame with nice column names.
返回值DAVIDQueryResult仅仅是一个字符矩阵。其内容结构取决于工具和注释参数的选择，所以一直没有试图操纵它，比方说，一个漂亮的列名的数据框。


值----------Value----------

If detail==FALSE, only DAVIDQueryResult is returned. This a character matrix holding the results of the tab-delimited file returned by DAVID.
如果详细==假，只有DAVIDQueryResult返回。这是一个字符点阵国宝返回制表符分隔的文件的结果。

If detail==TRUE, a list with contents useful for trouble-shooting:
如果详细== TRUE时，一个有用的故障排除与内容列表：


参数：firstURL

参数：firstStageResult

参数：DAVIDaction

参数：secondURL

参数：secondStageResult

参数：hasSessionEnded

参数：downloadFileName

参数：downloadURL

参数：DAVIDQueryResult

作者（S）----------Author(s)----------


Roger Day



参考文献----------References----------

http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html Article:    DAVID gene ID conversion tool.   Da Wei Huang, Brad T Sherman, Robert Stephens, Michael W Baseler, H Clifford Lane, and Richard A Lempicki http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=18841237

参见----------See Also----------

DAVIDQueryLoop, formatDAVIDResult
DAVIDQueryLoop，formatDAVIDResult


举例----------Examples----------


result = DAVIDQuery(testMe=TRUE)
print(names(result))
print(result$firstURL)
print(result$secondURL)
print(names(result$DAVIDQueryResult))
print(names(result$DAVIDQueryResult$O00161))
print(result$DAVIDQueryResult$O00161$GENE_SYMBOL)  ### Uses UNIPROT ID's for input.[＃使用“UNIPROT输入ID的。]

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