R语言 cycle包 fourierscore()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fourierscore(cycle)
fourierscore()所属R语言包：cycle

                                        Calculation of the Fourier  score
                                         计算傅立叶得分的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function calculates fourier score for a chosen periodicity.
选定的周期性的傅立叶函数计算得分。


用法----------Usage----------


fourierscore(eset,T,times=seq_len(ncol(eset)))



参数----------Arguments----------

参数：eset
object of the class “ExpressionSet”
对象“ExpressionSet类”


参数：T
length of chosen period
选择期间长度


参数：times
measurement times (with the index of the column as default)
测量时间（作为默认列的索引）


Details

详情----------Details----------

The Fourier score can be used to detect periodic signals.
可以用来检测周期信号的傅立叶得分。


值----------Value----------

Fourier scores for all features (genes) of eset
傅立叶分数为所有功能（基因）eset的的


注意----------Note----------

Note that this function evaluates soley the exprs matrix and  no information is used from the phenoData. In particular,  the ordering of samples (arrays) is the same as the ordering  of the columns in the exprs matrix. Also, replicated arrays in the  exprs matrix are treated as independent  i.e. they should be averagered prior to analysis or placed into different
请注意，这个函数计算掌上明珠矩阵和没有信息exprs用于从phenoData。样本（阵列）的顺序，特别是作为exprs矩阵中列的顺序是相同的。此外，exprs矩阵复制阵列被视为独立的，即他们分析之前，应averagered或放置到不同的


作者（S）----------Author(s)----------


Matthias E. Futschik (<a href="http://www.cbme.ualg.pt/mfutschik_cbme.html">http://www.cbme.ualg.pt/mfutschik_cbme.html</a>)



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


# Data preprocessing [数据预处理]
if (interactive()){
set.seed(1)
data(yeast)  # loading the reduced CDC28 yeast set (from the Mfuzz package)[载入减少CDC28酵母集（从Mfuzz包）]
yeast &lt;- yeast[1:600,]  # for illustration [为了说明]
yeast &lt;- filter.NA(yeast) # filters genes with more than 25% of the expression values missing [过滤器，超过25％的表达基因值缺失]
yeast  &lt;- fill.NA(yeast) # for illustration only; rather use knn method for [只用于说明目的，而是使用KNN方法]
yeast <- standardise(yeast)

T.yeast &lt;- 85   # cell cycle period (t=85min)[单元周期（T = 85分钟）]
times.yeast &lt;-  pData(yeast)$time  # time of measurements[时间测量]

F <- fourierscore(yeast,T = T.yeast, times= times.yeast)
# calculates the Fourier scores for yeast genes [酵母基因的计算傅立叶分数]

# Plot highest scoring gene[绘制最高得分基因]
plot(times.yeast,exprs(yeast)[order(-F)[1],],type="o",
     xlab="Time",ylab="Expression",
     main=featureNames(yeast)[order(-F)[1]])

# Plot lowest scoring gene[绘制最低得分基因的]
plot(times.yeast,exprs(yeast)[order(F)[1],],type="o",
     xlab="Time",ylab="Expression",
     main=featureNames(yeast)[order(F)[1]])
}

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