R语言 cummeRbund包 expressionBarplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

expressionBarplot(cummeRbund)
expressionBarplot()所属R语言包：cummeRbund

                                         Barplot
                                         barplot

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A barplot of FPKM values with confidence intervals for a given gene, set of genes, or features of a gene (e.g. isoforms, TSS, CDS, etc).
一个barplot FPKM值与置信区间的一个特定基因，基因，一个基因的功能（如异构体，可溶性固形物，CDS的，等等）。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'CuffFeatureSet'
expressionBarplot(object, logMode=TRUE, pseudocount=1.0, showErrorbars=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class ('CuffFeatureSet','CuffGeneSet','CuffFeature','CuffGene')  
类的对象（CuffFeatureSet，CuffGeneSet，CuffFeature，CuffGene）


参数：logMode
A logical value whether or not to draw y-axis on log10 scale. Default = FALSE.  
一个逻辑值是否提请LOG10规模y轴。默认= FALSE。


参数：pseudocount
Numerical value added to each FPKM during log-transformation to avoid errors.  
log转型过程中添加数值，每个FPKM避免错误。


参数：showErrorbars
A logical value whether or not to draw error bars. Default = TRUE  
一个逻辑值是否得出错误的条形。默认值= TRUE，


参数：...
Additional arguments.  
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

None
没有


值----------Value----------

A ggplot2 plot object
ggplot2图对象


注意----------Note----------

Need to implement logMode and features for this plotting method.
需要实现LOGMODE这个绘图方法和特点。


作者（S）----------Author(s)----------



Loyal A. Goff




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


        data(sampleData)
        PINK1 # sample CuffFeature object[样本CuffFeature对象]
        expressionBarplot(PINK1) #Barplot of PINK1 FPKM values[barplot的PINK1基因FPKM值]
        expressionBarplot(PINK1@isoforms) #Barplot of PINK1 FPKM values faceted by isoforms[barplot PINK1基因FPKM值的面由亚型]

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