R语言 cummeRbund包 csVolcano()函数中文帮助文档(中英文对照)

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csVolcano(cummeRbund)
csVolcano()所属R语言包：cummeRbund

                                         Volcano Plot
                                         火山图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a volcano plot of log fold change in expression vs -log(pval) for a pair of samples (x,y)
创建一个log倍VS-log（pval的）表达的变化对一个样本（X，Y）的火山积


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'CuffData'
csVolcano(object, x, y, features=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class CuffData, CuffFeatureSet, or CuffGeneSet  
一个类CuffData，CuffFeatureSet，或CuffGeneSet对象


参数：x
Sample name from 'samples' table for comparison  
从“样本”表作比较的样品名称


参数：y
Sample name from 'samples' table for comparison  
从“样本”表作比较的样品名称


参数：features
Will include all fields from 'features' slot in returned ggplot object. Useful for further manipulations of plot object using feature-level attributes (e.g. gene_type, class_code, etc)  
将包括各个领域，从功能在返回ggplot对象插槽。有用的图对象的进一步操作使用功能级别的属性（如gene_type，class_code等）


参数：...
Additional arguments  
额外的参数


Details

详情----------Details----------

This creates a 'volcano' plot of fold change vs. significance for a pairwise comparison of genes or features across two different samples.
这将创建一个“火山”倍成对比较了两个不同样本的基因或跨功能的变化与意义的图。


值----------Value----------

A ggplot2 plot object
ggplot2图对象


注意----------Note----------

None
没有


作者（S）----------Author(s)----------



Loyal A. Goff




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


a<-readCufflinks(system.file("extdata", package="cummeRbund")) #Create CuffSet object[创建CuffSet对象]
genes<-a@genes #Create cuffData object for all genes[创建cuffData对象为所有基因]
v<-csVolcano(genes,"hESC","Fibroblasts") # Volcano plot of all genes for conditions x='hESC' and y='Fibroblast'[所有基因的火山积条件X =人类胚胎干单元和y =成纤维单元“]
v #print plot[打印图]

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