R语言 cummeRbund包 csHeatmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

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csHeatmap(cummeRbund)
csHeatmap()所属R语言包：cummeRbund

                                         csHeatmap
                                         csHeatmap

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a ggplot plot object with a geom_tile layer of FPKM values per feature and sample.
创建一个与每个功能和样品FPKM值geom_tile层ggplot图对象。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'CuffFeatureSet'
csHeatmap(object, rescaling='none', clustering='none', labCol=T, labRow=T, logMode=T, pseudocount=1.0,
                border=FALSE, heatscale= c(low='darkred',mid='orange',high='white'), heatMidpoint=NULL,...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class 'CuffFeatureSet' or 'CuffGeneSet'  
一个类CuffFeatureSet“或”CuffGeneSet对象


参数：rescaling
Rescaling can either be 'row' or 'column' OR you can pass rescale a function that operates on a matrix to do your own rescaling. Default is 'none'.  
标度可以是“行”或“列”，或您可以通过重新调整功能矩阵做自己的缩放功能。默认为“无”。


参数：clustering
Clustering can either be 'row','column','none', or 'both', in which case the appropriate indices are re-ordered based on the pairwise Jensen-Shannon distance of FPKM values. Alternatively you can pass your own clustering function so long as the returned value is a re-ordered matrix.  
聚类可以是行，列，无，或都，在这种情况下，适当的指数重新排序成对延森 - 香农FPKM值的距离。另外，您可以通过自己的聚类功能，只要返回值是一个重新排序矩阵。


参数：labCol
A logical argument to display column labels.  
逻辑参数来显示列标签。


参数：labRow
A logical argument to display row labels.  
逻辑参数显示行标签。


参数：logMode
A logical argument to log10-transform FPKM values prior to plotting.  
的LOG10变换FPKM值之前绘制一个逻辑论证。


参数：pseudocount
Value to be added to FPKM for appropriate log transformation and clustering. (Avoids zero-based errors)  
值被添加到相应的log改造和聚类FPKM。 （避免基于零错误）


参数：border
A logical argument to draw border around plot.  
一个逻辑论证，绘制小区周围的边界。


参数：heatscale
A list with min length=2, max length=3 that detail the low,mid,and high colors to build the color scale.  
一分钟的长度= 2，最大长度= 3，详细说明了低，中，高色彩建设的色阶的名单。


参数：heatMidpoint
Value for midpoint of color scale.  
色阶的中点值。


参数：...
Additional arguments to csHeatmap  
向csHeatmap额外的参数


Details

详情----------Details----------

None
没有


值----------Value----------

A ggplot2 plot object with a geom_tile layer to display FPKM values by sample (x) and feature (y)
与1 geom_tile层，到显示样品FPKM的值（x）和功能（Y）ggplot2图对象


注意----------Note----------

None
没有


作者（S）----------Author(s)----------



Loyal A. Goff and Cole Trapnell




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


        data(sampleData)
        csHeatmap(sampleGeneSet)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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