R语言 cummeRbund包 csDensity()函数中文帮助文档(中英文对照)

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csDensity(cummeRbund)
csDensity()所属R语言包：cummeRbund

                                         Density plot of CuffData
                                         密度图的CuffData

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a smoothed density plot, by sample, for log10 FPKM values from a cuffdiff run.
创建一个平滑的密度图，样品，FPKM的LOG10从cuffdiff运行的值。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'CuffData'
csDensity(object, logMode=TRUE, pseudocount=1.0, labels, features=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class CuffData.  
一个类CuffData对象。


参数：logMode
A logical value of whether or not to log10-transform FPKM values.  By default this is TRUE.  
的与否LOG10转变FPKM值的逻辑值。默认情况下，这是事实。


参数：pseudocount
Pseudocount value added to FPKM to avoid errors in log-transformation of true zero values.  
pseudocount的增值FPKM，以避免在错误log真正的零值转换。


参数：labels
A list of tracking_id values or gene_short_name values used for 'callout' points on the density plot for reference. (Not implemented yet).  
一个tracking_id值或gene_short_name值列表标注点密度图，以供参考。 （尚未实现）。


参数：features
Will include all fields from 'features' slot in returned ggplot object. Useful for further manipulations of plot object using feature-level attributes (e.g. gene_type, class_code, etc)  
将包括各个领域，从功能在返回ggplot对象插槽。有用的图对象的进一步操作使用功能级别的属性（如gene_type，class_code等）


参数：...
Additional arguments  
额外的参数


Details

详情----------Details----------

Creates a density plot, by sample, for log10-transformed FPKM values from a cuffdiff run.
建立由样品的密度图，LOG10转化从cuffdiff运行FPKM值。


值----------Value----------

A ggplot2 plot object
ggplot2图对象


注意----------Note----------

None
没有


作者（S）----------Author(s)----------



Loyal A. Goff




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


        a<-readCufflinks(system.file("extdata", package="cummeRbund")) #Create CuffSet object from sample data[从样本数据中创建对象CuffSet]
        genes<-a@genes #Create CuffData object for all 'genes'[创建CuffData对象为所有的基因]
        d<-csDensity(genes) #Create csDensity plot[创建csDensity图]
        d #Render plot[渲染图]

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