R语言 crlmm包 readIDAT()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readIDAT(crlmm)
readIDAT()所属R语言包：crlmm

                                        Low-level function to read idat files
                                         低级别的函数来读取IDAT文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads intensity information for each bead type from a single .idat file from Infinium II platforms.  This is a low-level function which readIdatFiles
读取每个珠子类型的信息从一个单一的文件从Infinium II平台。IDAT强度。这是一个低级别的功能readIdatFiles


用法----------Usage----------


readIDAT(idatFile)



参数----------Arguments----------

参数：idatFile
character string specifying idat file to be read in
IDAT文件指定要读入的字符串


Details

详情----------Details----------

This function returns a list containing summarised intensities and other information extracted from a single .idat file.
这个函数返回一个列表，其中包含汇总的强度和其他信息从一个单一的。IDAT文件中提取。

The readIdatFiles function makes use of readIDAT to read the paired Cy3 and Cy5 idats from one or more arrays.
的readIdatFiles功能使得使用读取一个或多个阵列配对Cy3和Cy5 idatsreadIDAT。

Thanks to Keith Baggerly who providing this code.
由于基思Baggerly谁提供此代码。


值----------Value----------

list which includes item Quants which contains average intensity (Mean), number of beads (NBeads) and a measure of variability (SD) for each bead type on the array.
其中包括项目的列表Quants其中包含的平均强度（Mean），珠（NBeads）和变异性的措施（SD）为每个珠型阵列。


作者（S）----------Author(s)----------


Keith Baggerly, with modifications by Matt Ritchie



参考文献----------References----------

R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips. Bioinformatics. 2009 Oct 1;25(19):2621-3.

举例----------Examples----------


#idatdata = readIDAT("4019585367_A_Grn.idat")[idatdata = readIDAT（“4019585367_A_Grn.idat”）]
#names(idatdata[名称（idatdata]
#idatdata$Quants[1:5,][idatdata美元金融工程师[1:5]]

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