R语言 crlmm包 readGenCallOutput()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readGenCallOutput(crlmm)
readGenCallOutput()所属R语言包：crlmm

                                        Read X and Y intensities from GenCall output
                                         读取X和Ÿ强度GenCall输出

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function reads the raw X and Y intensities output by GenomeStudio's GenCall genotyping module in preparation for genotyping with crlmm.
这个函数读取的原始X被GenomeStudio的GenCall准备基因型模块和基因分型与crlmmŸ强度输出。


用法----------Usage----------


readGenCallOutput(file, path=".", cdfName, colnames=list("SampleID"="Sample ID", "SNPID"="SNP Name", "XRaw"="X Raw", "YRaw"="Y Raw"),
                  type=list("SampleID"="character", "SNPID"="character", "XRaw"="integer", "YRaw"="integer"), verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：file
'character' string specifying the name of the file to read in
字符字符串指定的文件名称改为


参数：path
'character' string specifying the location of file to be read by the function
“字符”功能读取指定文件的位置的字符串


参数：cdfName
'character' defining the chip annotation (manifest) to use ('human370v1c', human550v3b', 'human650v3a', 'human1mv1c', 'human370quadv3c', 'human610quadv1b', 'human660quadv1a', 'human1mduov3b', 'humanomni1quadv1b', 'humanomniexpress12v1b', 'humancytosnp12v2p1h')
字符定义芯片的注解（列表）使用（human370v1c，human550v3b，human650v3a“，”human1mv1c，human370quadv3c，human610quadv1b“，”human660quadv1a，human1mduov3b“，”humanomni1quadv1b，humanomniexpress12v1b ，humancytosnp12v2p1h“）


参数：colnames
list containing elements 'SampleID', 'SNPID', 'XRaw' and 'YRaw', which specify the column names from in 'file' that pertain to these variables.  The default should suffice in most situations.
列表，其中包含元素“SampleID”，“SNPID，XRaw”和“YRaw”，这在“文件”指定的列名，涉及到这些变量。默认情况下，在大多数情况下应该足以。


参数：type
list containing data types for the columns to be read in.  The default should be fine in most situations.
列表，其中包含要读入默认的应该是在大多数情况下，罚款的列的数据类型。


参数：verbose
'logical'.  Should processing information be displayed as data is read in?
“逻辑”。应处理的信息显示的数据被读取？


Details

详情----------Details----------

This function returns an NChannelSet containing raw intensity data (X and Y) from GenCall final report file.  It assumes the GenCall output is formatted to have samples listed one below the other, and that the columns 'X Raw' and 'Y Raw' are available in the file. The function crlmmillumina() can be run on the output of the readGenCallOutput function.
此函数返回一个NChannelSet含有从GenCall最终报告文件的原始强度数据（X和Y）。它假定的GenCall输出格式有下面列出的其他之一的样品，这列“X生和Y原始”文件。可以运行的功能crlmmillumina（）上readGenCallOutput函数的输出。


值----------Value----------

NChannelSet containing X and Y bead intensities.
NChannelSet含有X和Y珠强度。


作者（S）----------Author(s)----------


Cynthia Liu and Matt Ritchie



参考文献----------References----------

R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome  genotyping BeadChips. Bioinformatics. 2009 Oct 1;25(19):2621-3.

举例----------Examples----------


#XY = readGenCallOutput(file="Hap650Yv3_Final_Report.txt", cdfName="human650v3a")[XY = readGenCallOutput（档案=“Hap650Yv3_Final_Report.txt”，cdfName =“human650v3a”）]
#crlmmOut = crlmmIllumina(XY=XY)[crlmmOut = crlmmIllumina（XY-XY）]

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