R语言 crlmm包 predictionRegion()函数中文帮助文档(中英文对照)

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predictionRegion(crlmm)
predictionRegion()所属R语言包：crlmm

                                        Prediction regions for integer copy number
                                         整数拷贝数预测区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Bivariate normal prediction regions for integer copy
二元整数副本的正常预测区域


用法----------Usage----------


predictionRegion(object, copyNumber)



参数----------Arguments----------

参数：object
A CNSet object.
一个CNSet对象。


参数：copyNumber
Integer vector.  0-4 allowed.
整数向量。 0-4允许。


Details

详情----------Details----------

We fit a linear regression for each allele to the diallic genotype cluster medians.  Denoting the background and slope by nu and phi, respectively, the mean for the bivariate normal prediction region is given by
我们适合每个等位基因的diallic基因型聚类中位数的线性回归。分别表示怒江和phi的背景和斜坡，二元正常预测区域的平均给出

mu_A = nu_A + CA * phi_A
mu_A = nu_A + CA * phi_A

and
和

mu_B nu_B + CB * phi_B
mu_B nu_B + CB * phi_B

The variance and correlation of the normalized intensities is estimated from the diallelic genotype clusters AA, AB, and BB on the log-scale.  For copy number not equal to two, we assume that the variance is approximately the same for copy number not equal to 2.
归强度的方差和相关估计基因型聚类的diallelic节AA，AB公司和log规模的BB。拷贝数不等于二，我们假设的差异大约是相同的拷贝数不等于2。


值----------Value----------

A list named by the genotype.  "NULL" refers to copy number zero, "A" is a hemizygous deletion, etc. Each element is a list of the means (mu) and covariance (cov) for each marker stored as an array.  For "mu", the dimensions of the array are marker x allele (A or B) x batch.  For "cov", the dimensions of the array are marker x 3 (varA, cor, and varB) x batch.
基因型命名为A名单。 “空”是指拷贝数为零，“A”是一个半合子缺失等每个元素都是一个手段（亩）和方差（COV）作为一个数组中存储的每个标记的列表。为“亩”，数组的尺寸标记X等位基因（A或B）1 [2。为“冠状病毒”，该数组的尺寸标记×3（VARA，肺心病和varB）×批次。


作者（S）----------Author(s)----------



R. Scharpf




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

posteriorProbability, genotypes
posteriorProbability，genotypes


举例----------Examples----------


data(cnSetExample)
pr <- predictionRegion(cnSetExample, copyNumber=0:4)
names(pr)
## bivariate normal prediction region for NULL genotype (homozygous deletion)[＃二元null基因型的正常预测区域（缺失）]
str(pr[["NULL"]])

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