crlmmIlluminaV2(crlmm)
crlmmIlluminaV2()所属R语言包：crlmm
Read and Genotype Illumina Infinium II BeadChip data with CRLMM
阅读和基因型Illumina的Infinium二BeadChip数据CRLMM
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Implementation of the CRLMM algorithm for data from Illumina's Infinium II BeadChips.
数据从Illumina公司的Infinium二BeadChips CRLMM算法的实现。
用法----------Usage----------
crlmmIlluminaV2(sampleSheet=NULL, arrayNames=NULL, ids=NULL, path=".",
arrayInfoColNames=list(barcode="SentrixBarcode_A", position="SentrixPosition_A"),
highDensity=FALSE, sep="_", fileExt=list(green="Grn.idat", red="Red.idat"),
saveDate=FALSE, stripNorm=TRUE, useTarget=TRUE,
row.names=TRUE, col.names=TRUE, probs=c(1/3, 1/3, 1/3),
DF=6, SNRMin=5, gender=NULL, seed=1, mixtureSampleSize=10^5,
eps=0.1, verbose=TRUE, cdfName, sns, recallMin=10,
recallRegMin=1000, returnParams=FALSE, badSNP=.7)
参数----------Arguments----------
参数：sampleSheet
data.frame containing Illumina sample sheet information (for required columns, refer to BeadStudio Genotyping guide - Appendix A).
data.frame含有Illumina的样品表信息（所需的列，请参阅BeadStudio基因分型指南 - 附录A）。
参数：arrayNames
character vector containing names of arrays to be read in. If NULL, all arrays that can be found in the specified working directory will be read in.
包含数组的名字被读入。如果NULL，可以在指定的工作目录中找到的所有阵列将读入的字符向量
参数：ids
vector containing ids of probes to be read in. If NULL all probes found on the first array are read in.
向量的探针被读入，如果NULL上发现的第一个数组的所有探针都读入的ID
参数：path
character string specifying the location of files to be read by the function
字符串功能读取指定文件的位置
参数：arrayInfoColNames
(used when sampleSheet is specified) list containing elements 'barcode' which indicates column names in the sampleSheet which contains the arrayNumber/barcode number and 'position' which indicates the strip number. In older style sample sheets, this information is combined (usually in a column named 'SentrixPosition') and this should be specified as list(barcode=NULL, position="SentrixPosition")
（用时sampleSheet指定）包含元素的条码“表示sampleSheet其中包含的arrayNumber /条码号和”立场“表示条数列名的列表。在旧式的样品表，此信息相结合（通常在一列名为“SentrixPosition”），这应作为list(barcode=NULL, position="SentrixPosition")指定
参数：highDensity
logical (used when sampleSheet is specified). If TRUE, array extensions '\_A', '\_B' in sampleSheet are replaced with 'R01C01', 'R01C02' etc.
逻辑（当sampleSheet指定使用）。如果TRUE，阵列扩展\ _A，\ _B“在sampleSheet取代R01C01，R01C02”等。
参数：sep
character string specifying separator used in .idat file names.
字符串指定分隔符使用。IDAT文件名。
参数：fileExt
list containing elements 'Green' and 'Red' which specify the .idat file extension for the Cy3 and Cy5 channels.
列表，其中包含元素的绿色和红指定文件扩展名。IDAT Cy3和Cy5通道。
参数：saveDate
'logical'. Should the dates from each .idat be saved with sample information?
“逻辑”。应该从每个。IDAT日期与样品信息被保存？
参数：stripNorm
'logical'. Should the data be strip-level normalized?
“逻辑”。应的数据带，规范化水平？
参数：useTarget
'logical' (only used when stripNorm=TRUE). Should the reference HapMap intensities be used in strip-level normalization?
“逻辑”（只用时stripNorm=TRUE）。应参考HapMap的强度，可用于带钢水平标准化？
参数：row.names
'logical'. Use rownames - SNP names?
“逻辑”。使用rownames - 单核苷酸多态性的名字吗？
参数：col.names
'logical'. Use colnames - Sample names?
“逻辑”。使用colnames - 样品的名字吗？
参数：probs
'numeric' vector with priors for AA, AB and BB.
“数字”的向量为AA，AB和BB的前科。
参数：DF
'integer' with number of degrees of freedom to use with t-distribution.
“整数”数度自由使用t分布。
参数：SNRMin
'numeric' scalar defining the minimum SNR used to filter out samples.
“数字”标定义的最小SNR用筛选出的样本。
参数：gender
'integer' vector, with same length as 'filenames', defining sex. (1 - male; 2 - female)
“整数”的向量，为“文件名”定义性别，相同长度的。 （1 - 男 - 女2）
参数：seed
'integer' scalar for random number generator (used to sample mixtureSampleSize SNPs for mixture model.
“整数”标量随机数发生器（用于采样mixtureSampleSize混合模型的SNPs。
参数：mixtureSampleSize
'integer'. The number of SNP's to be used when fitting the mixture model.
“整数”。装修时要使用的混合模型SNP的数量。
参数：eps
Minimum change for mixture model.
混合模型的最小变化。
参数：verbose
'logical'.
“逻辑”。
参数：cdfName
'character' defining the chip annotation (manifest) to use ('human370v1c', human550v3b', 'human650v3a', 'human1mv1c', 'human370quadv3c', 'human610quadv1b', 'human660quadv1a', 'human1mduov3b', 'humanomni1quadv1b', 'humanomniexpress12v1b', 'humancytosnp12v2p1h')
字符定义芯片的注解（列表）使用（human370v1c，human550v3b，human650v3a“，”human1mv1c，human370quadv3c，human610quadv1b“，”human660quadv1a，human1mduov3b“，”humanomni1quadv1b，humanomniexpress12v1b ，humancytosnp12v2p1h“）
参数：sns
'character' vector with sample names to be used.
样品名称要使用“字符”向量。
参数：recallMin
'integer'. Minimum number of samples for recalibration.
“整数”。校准样品的最低数量。
参数：recallRegMin
'integer'. Minimum number of SNP's for regression.
“整数”。最低数量的SNP的回归。
参数：returnParams
'logical'. Return recalibrated parameters.
“逻辑”。返回重新调整参数。
参数：badSNP
'numeric'. Threshold to flag as bad SNP (affects batchQC)
“数字”。阈值，不好的SNP标志（影响batchQC）
Details
详情----------Details----------
This function combines the reading of data from idat files using readIdatFiles and genotyping to reduce memory usage.
此功能结合使用readIdatFiles和基因分型，以减少内存使用数据IDAT文件阅读。
值----------Value----------
A SnpSet object which contains
一个SnpSet对象，其中包含
参数：calls
Genotype calls (1 - AA, 2 - AB, 3 - BB)
的基因型分型（1 - AA，2 - AB公司，3 - BB的）
参数：callProbability
confidence scores 'round(-1000*log2(1-p))'
信心分数“轮（-1000 *为log2（1-P））”
in the assayData slot and
assayData插槽和
参数：SNPQC
SNP Quality Scores
SNP的质量得分
参数：batchQC
Batch Quality Scores
批次的质量得分
along with center and scale parameters when returnParams=TRUE in the featureData slot.
随着中心和尺度参数时returnParams=TRUEfeatureData插槽。
作者（S）----------Author(s)----------
Matt Ritchie
参考文献----------References----------
R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips. Bioinformatics. 2009 Oct 1;25(19):2621-3.
normalization, and genotype calls of high-density oligonucleotide SNP array data. Biostatistics. 2007 Apr;8(2):485-99. Epub 2006 Dec 22. PMID: 17189563.
Quantifying uncertainty in genotype calls. Bioinformatics. 2010 Jan 15;26(2):242-9.
参见----------See Also----------
crlmmIllumina
crlmmIllumina
举例----------Examples----------
## crlmmOut = crlmmIlluminaV2(samples,path=path,arrayInfoColNames=list(barcode="Chip",position="Section"),[＃crlmmOut = crlmmIlluminaV2（样品，路径=路径，arrayInfoColNames =列表（条码=“芯片”，位置=“节”），]
## saveDate=TRUE,cdfName="human370v1c",returnParams=TRUE)[＃saveDate = TRUE时，cdfName =“human370v1c”，returnParams = TRUE）]
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发表于 2012-2-25 16:03:05
