crlmm(crlmm)
crlmm()所属R语言包：crlmm
Genotype oligonucleotide arrays with CRLMM
与CRLMM基因型寡核苷酸阵列
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is a faster and more efficient implementation of the CRLMM algorithm, especially designed for Affymetrix SNP 5 and 6 arrays (to be soon extended to other platforms).
这是的CRLMM算法，尤其是Affymetrix公司的SNP 5和6阵列（将很快扩展到其他平台）设计的更快和更有效地实施。
用法----------Usage----------
crlmm(filenames, row.names=TRUE, col.names=TRUE,
probs=c(1/3, 1/3, 1/3), DF=6, SNRMin=5,
gender=NULL, save.it=FALSE, load.it=FALSE,
intensityFile, mixtureSampleSize=10^5,
eps=0.1, verbose=TRUE, cdfName, sns, recallMin=10,
recallRegMin=1000, returnParams=FALSE, badSNP=0.7)
crlmm2(filenames, row.names=TRUE, col.names=TRUE,
probs=c(1/3, 1/3, 1/3), DF=6, SNRMin=5,
gender=NULL, save.it=FALSE, load.it=FALSE,
intensityFile, mixtureSampleSize=10^5,
eps=0.1, verbose=TRUE, cdfName, sns, recallMin=10,
recallRegMin=1000, returnParams=FALSE, badSNP=0.7)
参数----------Arguments----------
参数：filenames
'character' vector with CEL files to be genotyped.
字符CEL文件的向量进行基因分型。
参数：row.names
'logical'. Use rownames - SNP names?
“逻辑”。使用rownames - 单核苷酸多态性的名字吗？
参数：col.names
'logical'. Use colnames - Sample names?
“逻辑”。使用colnames - 样品的名字吗？
参数：probs
'numeric' vector with priors for AA, AB and BB.
“数字”的向量为AA，AB和BB的前科。
参数：DF
'integer' with number of degrees of freedom to use with t-distribution.
“整数”数度自由使用t分布。
参数：SNRMin
'numeric' scalar defining the minimum SNR used to filter out samples.
“数字”标定义的最小SNR用筛选出的样本。
参数：gender
'integer' vector, with same length as 'filenames', defining sex. (1 - male; 2 - female)
“整数”的向量，为“文件名”定义性别，相同长度的。 （1 - 男 - 女2）
参数：save.it
'logical'. Save preprocessed data?
“逻辑”。保存预处理数据？
参数：load.it
'logical'. Load preprocessed data to speed up analysis?
“逻辑”。装入预处理的数据，以加快分析？
参数：intensityFile
'character' with filename to be saved/loaded - preprocessed data.
“字符的文件名保存/加载 - 预处理数据。
参数：mixtureSampleSize
Number of SNP's to be used with the mixture model.
使用混合模型的SNP的数目。
参数：eps
Minimum change for mixture model.
混合模型的最小变化。
参数：verbose
'logical'.
“逻辑”。
参数：cdfName
'character' defining the CDF name to use ('GenomeWideSnp5', 'GenomeWideSnp6')
字符定义民防部队的名称使用（“GenomeWideSnp5，GenomeWideSnp6）
参数：sns
'character' vector with sample names to be used.
样品名称要使用“字符”向量。
参数：recallMin
Minimum number of samples for recalibration.
校准样品的最低数量。
参数：recallRegMin
Minimum number of SNP's for regression.
最低数量的SNP的回归。
参数：returnParams
'logical'. Return recalibrated parameters.
“逻辑”。返回重新调整参数。
参数：badSNP
'numeric'. Threshold to flag as bad SNP (affects batchQC)
“数字”。阈值，不好的SNP标志（影响batchQC）
Details
详情----------Details----------
'crlmm2' allows one to genotype very large datasets (via ff package) and also permits the use of clusters or multiple cores (via snow package) to speed up genotyping.
“crlmm2允许基因型非常大的数据集（通过FF软件包），并允许使用聚类或多个内核（通过雪包），以加快基因分型。
As noted above, the call probabilities are stored using an integer representation to reduce file size using the transformation 'round(-1000*log2(1-p))', where p is the probability. The function i2P can be used to convert the integers back to the scale of probabilities.
如上所述，通话概率存储使用整数表示，以减少文件大小，使用轮改造（-1000 *为log2（1-P）），其中p是概率。可以使用的功能i2P整数转换回规模的可能性。
值----------Value----------
A SnpSet object.
一个SnpSet对象。
参数：calls
Genotype calls (1 - AA, 2 - AB, 3 - BB)
的基因型分型（1 - AA，2 - AB公司，3 - BB的）
参数：confs
Confidence scores 'round(-1000*log2(1-p))'
信心分数“轮（-1000 *为log2（1-P））”
参数：SNPQC
SNP Quality Scores
SNP的质量得分
参数：batchQC
Batch Quality Score
批次质量分数
参数：params
Recalibrated parameters
重新调整参数
参考文献----------References----------
Irizarry RA. Exploration, normalization, and genotype calls of high-density oligonucleotide SNP array data. Biostatistics. 2007 Apr;8(2):485-99. Epub 2006 Dec 22. PMID: 17189563.
Quantifying uncertainty in genotype calls. Bioinformatics. 2010 Jan 15;26(2):242-9.
参见----------See Also----------
i2p, snpCall, snpCallProbability
i2p，snpCall，snpCallProbability
举例----------Examples----------
## this can be slow[＃这可能是缓慢的]
if (require(genomewidesnp6Crlmm) & require(hapmapsnp6)){
path <- system.file("celFiles", package="hapmapsnp6")
## the filenames with full path...[＃文件名的完整路径...]
## very useful when genotyping samples not in the working directory[＃非常有用的基因分型样品时，在工作目录]
cels <- list.celfiles(path, full.names=TRUE)
(crlmmOutput <- crlmm(cels))
invisible(open(crlmmOutput$gender))
stopifnot(all(crlmmOutput$gender[] == c(2,2,1)))
invisible(close(crlmmOutput$gender))
## If gender is known, one should check that the assigned gender is[＃如果性别是已知的，应检查所分配的性别是]
## correct, or pass the integer coding of gender as an argument to the[＃正确，或性别的整数编码作为参数传递]
## crlmm function as done below[＃crlmm完成以下功能]
gender <- c("female", "female", "male")
gender[gender == "female"] <- 2
gender[gender == "male"] <- 1
}
## Not run: [＃无法运行：]
## HPC Example[＃高性能计算范例]
library(ff)
library(snow)
library(crlmm)
## genotype 50K SNPs at a time[一次＃基因型50K的SNPs]
ocProbesets(50000)
## setup cluster - 8 cores on the machine[＃设置聚类 - 8核心的机器上]
setCluster(8, "SOCK")
path <- system.file("celFiles", package="hapmapsnp6")
cels <- list.celfiles(path, full.names=TRUE)
crlmmOutput <- crlmm2(cels)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 16:02:41
