R语言 CRImage包 plotCorrectedCN()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotCorrectedCN(CRImage)
plotCorrectedCN()所属R语言包：CRImage

                                        Plot CN profiles corrected for cellularity
                                         积点数型材单元性校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes the result of a call to correctCopyNumber and plots the results.
该函数将调用一个correctCopyNumber和图的结果的结果。


用法----------Usage----------


plotCorrectedCN(CN, chr=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：CN
object result of a call to correctCopyNumber.
调用correctCopyNumber的对象，结果。


参数：chr
chromosome to plot.
染色体图。


Details

详情----------Details----------

A panel with four plots is created. The top panel shows LRR (with DNAcopy segmentation overlayed) and BAF before correction and the bottom panel shows the plots after correction.
创建一个面板有四个图。顶部面板显示LRR类（DNAcopy分割叠加）和曝气生物滤池前校正和底部面板显示修正后的图。


值----------Value----------

No value is returned.
无返回值。


作者（S）----------Author(s)----------


Oscar M. Rueda, rueda.om@gmail.com



参考文献----------References----------

primary breast tumors enriches genomic assays. In prep.

举例----------Examples----------


LRR <- c(rnorm(100, 0, 1), rnorm(10, -2, 1), rnorm(20, 3, 1),
       rnorm(100,0, 1))
BAF <- c(rnorm(100, 0.5, 0.1), rnorm(5, 0.2, 0.01), rnorm(5, 0.8, 0.01), rnorm(10, 0.25, 0.1), rnorm(10, 0.75, 0.1),
       rnorm(100,0.5, 0.1))

Pos <- sample(x=1:500, size=230, replace=TRUE)
Pos <- cumsum(Pos)
Chrom <- rep(1, length(LRR))
z <- data.frame(Name=1:length(LRR), Chrom=Chrom, Pos=Pos, LRR=LRR, BAF=BAF)
res <- correctCopyNumber(arr="Sample1", chr=1, p=0.75, z=z)
plotCorrectedCN(res, chr=1)


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注：
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