correctCopyNumber (CRImage)
correctCopyNumber ()所属R语言包：CRImage
Allelic Copy Number correction for cellularity
等位基因的复制单元数数校正
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function segments copy number and corrects log-ratios (LRR) and beta allele frequencies (BAF) values for cellularity.
此功能段拷贝数和纠正数比率（LRR类）和β等位基因频率（BAF）的单元密度值。
用法----------Usage----------
correctCopyNumber(arr="Sample1", chr=NULL, p=NULL, z=NULL, min.value=-5)
参数----------Arguments----------
参数：arr
Name of the array.
数组的名称。
参数：chr
Chromosome to run. If NULL, all chromosomes are run.
染色体运行。如果NULL，所有的染色体运行。
参数：p
Percentage of tumoural cells </table>
tumoural单元百分比</ TABLE>
参数：z
Copy Number Data. Must be a dataframe with the following columns: Name (id of the probe), Chr (chromosome), Pos (position), LRR (log ratios) and BAF (beta allele frequencies).
复制数字数据。必须是一个dataframe以下几列：名称（ID探针），CHR（染色体），POS（位置），LRR类（log的比率）和曝气生物滤池（β等位基因频率）。
参数：min.value
Value assigned to the probes that have 0 copies after correction.
分配到探针，有0份修正后的价值。
Details
详情----------Details----------
The data.frame z must contain only SNP probes, that is probes with both LRR and BAF values. It is recommended that all replicated probes are merged so the positions are unique. This function calls DNAcopy to segment the LRR and then correct the segmented profiles for normal contamination according to the method described in the reference below (see for details).
数据框z必须包含唯一的SNP探针，探针与LRR和BAF值。它建议所有复制的合并，使探针的位置是唯一的。函数调用DNAcopy段LRR类，然后根据参考下面描述的方法（详见）纠正正常污染分段型材。
值----------Value----------
A list with 2 components:
2组件列表：
参数：y
a data.frame with as many rows as probes containing the following variables: Chrom (chromosome), Pos (position), Orig.LRR (LRR before correction) Orig.BAF (BAF before correction), Corr.LRR (LRR after cellularity correction) and Corr.BAF (BAF after correction)
多行包含以下变量探针数据框CHROM（染色体），POS（位置），Orig.LRR（校正前，LRR）Orig.BAF（校正前的曝气生物滤池），Corr.LRR（LRR类单元性校正后： ）和Corr.BAF（校正后曝气生物滤池）
参数：seg
a data.frame with the segmented data. Contains the following columns: ID (name of the array), chrom (chromosome), loc.start (start of the region), loc.end (end of the region), num.mark (number of probes in the region), seg.mean (LRR of the region), BAF (BAF of the regions), num.BAF (number of SNP probes in the region), Sa (estimated absolute copy number for the first allele), Sb (estimated absolute copy number for the first allele), LRR.tum (corrected LRR for the region), BAF.tum (corrected BAF for the region).
分段数据与数据框。包含以下几列：ID（数组名），铬（染色体），loc.start（该区域），loc.end（区域年底），num.mark（探针的数量在该区域）， seg.mean（LRR类的区域），燃油附加费（燃油附加费的区域），num.BAF（SNP的探针在该区域的数），SA（第一等位基因的绝对拷贝数的估计），锑（估计绝对拷贝数第一等位基因），LRR.tum（纠正的区域，LRR），BAF.tum（更正该区域的燃油附加费）。
注意----------Note----------
Includes an adaptation of aCGH mergeLevels function to fix a problem with ansari.test.
包括适应aCGHmergeLevels功能修复与ansari.test问题。
作者（S）----------Author(s)----------
Oscar M. Rueda, rueda.om@gmail.com
参考文献----------References----------
primary breast tumors enriches genomic assays. In prep.
举例----------Examples----------
LRR <- c(rnorm(100, 0, 1), rnorm(10, -2, 1), rnorm(20, 3, 1),
rnorm(100,0, 1))
BAF <- c(rnorm(100, 0.5, 0.1), rnorm(5, 0.2, 0.01), rnorm(5, 0.8, 0.01), rnorm(10, 0.25, 0.1), rnorm(10, 0.75, 0.1),
rnorm(100,0.5, 0.1))
Pos <- sample(x=1:500, size=230, replace=TRUE)
Pos <- cumsum(Pos)
Chrom <- rep(1, length(LRR))
z <- data.frame(Name=1:length(LRR), Chrom=Chrom, Pos=Pos, LRR=LRR, BAF=BAF)
res <- correctCopyNumber(arr="Sample1", chr=1, p=0.75, z=z)
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发表于 2012-2-25 16:00:09
