rseq(cosmo)
rseq()所属R语言包：cosmo
Random generation of DNA sequence according to ZOOPS or TCM model
根据到ZOOPS或中医模型的DNA序列的随机生成
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function randomly generates a number of DNA sequences that contain a given motif accordint to the ZOOPS or TCM model. In the ZOOPS model, each sequence contains one or zero occurrences of the motif. In the TCM model, each sequence may contain an arbitrary number of motif occurrences.
这个函数随机生成一个包含一个给定的的主题accordint到的ZOOPS或中医模型的DNA序列的数量。在ZOOPS模型中，每个序列包含一个或零出现的主题。在中医模式，每个序列可以包含任意数量的图案出现。
用法----------Usage----------
rseq(numSeqs, seqLength, rate, pwm, transMats,
model="ZOOPS", posOnly=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：numSeqs
numeric The number of sequences to be generated
numeric的数量，要生成序列
参数：seqLength
numeric The length of each sequence. This may be either a single number, in which case that number is taken to be the common length of all sequence, or a vector of sequence lengths.
numeric每个序列的长度。这可能是一个单一的数字，在这种情况下，这一数字是所有序列的长度，或序列长度的向量。
参数：rate
numeric In the ZOOPS model, this is the proportion of sequences containg a motif occurrence. In the TCM model, this the rate parameter lambda with which motifs are inserted into the sequences.
numeric的在该ZOOPS的模型，这是序列containg一个主题发生的比例。在中医模式，这个速度参数的lambda图案是插入序列。
参数：pwm
numeric Position-weight matrix of the motif to be inserted.
numeric位置权重矩阵的主题被插入。
参数：transMats
The transition matrices to use for the background Markov model. This is a list of matrices, with the first matrix given the transition probabilities for the 0th order Markov model, the second matrix giving the transition probabilities for a 1st order Markov model, and so on.
过渡矩阵，利用马尔可夫模型为背景。这是一个矩阵的名单，与第0阶Markov模型，给人的第一阶Markov模型的转移概率矩阵，等过渡概率的第一方阵。
参数：model
Either "ZOOPS" or "TCM"
无论是“ZOOPS”或“中医”
参数：posOnly
logical If TRUE, motifs are inserted only in the forwards orientation. Otherwise, motifs are inserted in either of the two possible orientations with equal probabilities.
logical如果是TRUE，图案只有在向前方向插入。否则，图案插入具有同等概率的两个可能的方向之一。
值----------Value----------
参数：seqs
A list with one element for each sequence in the file. The elements are in two parts, one the description and the second a character string of the biological sequence.
一个列表文件中的每个序列的元素之一。该元素是在两个部分，一是描述和第二的生物序列的字符串。
参数：motifs
An "align" object summarizing the positions of the inserted motif occurrences.
总结的“对齐”对象插入的图案出现的位置。
参数：empPWM
An object of class pwm representing the position weight matrix obtained by aligning the inserted motifs.
一个类的对象pwm代表对齐插入图案获得位置权重矩阵。
作者（S）----------Author(s)----------
Oliver Bembom, <a href="mailto:bembom@berkeley.edu">bembom@berkeley.edu</a>
举例----------Examples----------
## generate 20 sequences according to ZOOPS model[根据ZOOPS模型＃生成20个序列]
## with an expected number of 10 sequences containing a[＃预计10包含一个序列数]
## motif[＃主题]
data(motifPWM)
data(transMats)
res <- rseq(20, 250, 0.5, motifPWM, transMats,"ZOOPS")
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发表于 2012-2-25 15:57:44
