R语言 cosmo包 makeConSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

makeConSet(cosmo)
makeConSet()所属R语言包：cosmo

                                         Constructing a constraint set.
                                         构建一个约束集。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The first step to building a constraint set is to define the number and type of intervals defining the set. This is done using the makeConSet function.  Constraints are then built using the makeBoundCon (for information content bounding constraints), makeIntFreqCon (for interval nucleotide frequency constraints), makePosFreqCon (for position frequency constraints) and finally makeShapeCon (for shape constraints). The constraints are then added to the sets created with makeConSet using the addCon command.
建立约束集的第一步是定义定义设定的时间间隔的数量和类型。这是使用makeConSet功能。约束，然后使用（信息内容的边界约束）makeBoundCon，makeIntFreqCon（区间核苷酸频率约束），makePosFreqCon（位置频率的限制），最后makeShapeCon（形状的限制）。的限制将被添加到与makeConSet使用addCon命令创建集。


用法----------Usage----------


makeConSet(numInt,type,length,descrip="Constraint Set")



参数----------Arguments----------

参数：numInt
integer relating to the number of intervals composing the set
整数有关的间隔组成一套


参数：type
character vector describing the types of each of the intervals composing the set: the length of this vector should be equal to the 'numInt' argument. Possible values are 'B' for basepairs, 'V' for variable, and 'P' for proportion
特征向量来描述各组成一组的间隔类型：这个向量的长度应该等于numInt的说法。可能的值是“B”，变量，“V”和“P”的比例为碱基


参数：length
numeric vector of length 'numInt', with a numeric argument describing the lengths of the intervals: either the number of basepairs if type is 'B',  proportion coefficent if type is 'P'. For type 'V', the value is of no importance.
数字矢量长度numInt用数字描述的间隔长度的参数，无论是数字类型的碱基对，如果是“B”，如果类型是“P”的比例系数。对于类型“V”，价值是没有重要性。


参数：descrip
a character string to describe the constraint set.
一个字符串来描述的约束集。


Details

详情----------Details----------

These commands are an alternative to the GUI for constucting constraint sets and groups.
这些命令是全面建设约束集和组的图形用户界面的替代。


值----------Value----------

Null. Depending on the arguments, 1, 2 or 3 text files are created, by default in the working directory.
空。根据的论点，1，2或3个文本文件的创建，默认情况下，在工作目录。


作者（S）----------Author(s)----------



Fabian Gallusser, <a href="mailto:fgallusser@berkeley.edu">fgallusser@berkeley.edu</a>




参见----------See Also----------

boundCon, subMotifCon, posFreqCon, shapeCon, shapeDiffCon, palCon
boundCon，subMotifCon，posFreqCon，shapeCon，shapeDiffCon，palCon


举例----------Examples----------


makeConSet(4,c("B","P","V","B"),c(4,50,NA,3))

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