R语言 cosmo包 cosmo-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

cosmo-class(cosmo)
cosmo-class()所属R语言包：cosmo

                                        Class "cosmo"
                                         类“COSMO”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An object of class "cosmo" is automatically created after calling the 'cosmo' function and summarizes the results.
"cosmo"类的对象会自动调用“COSMO”功能后，创建和总结的结果。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("cosmo", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("cosmo", ...)。


插槽----------Slots----------




seqs: A list of the input sequences.
seqs：一个输入序列列表。




pwm: An object of class pwm representing the
pwm：一个类的对象pwm代表




back: A data frame summarizing the candidate Markov
back：一个数据框，总结候选人马尔可夫




tmat: The estimated transition matrix/matrices used to
tmat：用来估计的过渡矩阵/矩阵




cand: A data frame summarizing the candidate models
cand：一个数据框，总结候选车型




cons: The constraint set applied in the final model.
cons：约束集，在最终模型中的应用。




sel: The selected model.
sel：所选择的模式。




motifs: An object of class "align" representing
motifs：一个类的对象"align"代表




probs: A list giving the posterior probabilities of
probs：一个列表，给出的后验概率




objectCall: The call which produced this object.
objectCall：产生这个对象调用。


方法----------Methods----------




summary signature(object = "cosmo",...) Summarizes the
摘要signature(object = "cosmo",...)总结




plot signature(x = "cosmo",type="PWM", ...) If type == "PWM", plots the sequence logo of the discovered motif. If type == "prob", plots the posterior probabilities of motif occurrences along all input sequences.
图signature(x = "cosmo",type="PWM", ...)如果type == "PWM"，发现图案的序列图标志。如果type == "prob"，序出现后验概率，以及所有输入序列图。




print signature(x = "cosmo",...) Prints the discovered motifs along with the sequences they were discovered on, the starting positions, the strand, and the posterior probability of a motif occurrence at this
打印signature(x = "cosmo",...)打印他们发现，起始位置，链，和一个主题出现在这个后验概率的序列，发现图案




show signature(object = "cosmo") Prints the discovered motifs along with the sequences they were discovered on, the starting positions, the strand, and the posterior probability of a motif occurrence at this
显示signature(object = "cosmo")他们发现，起始位置，链，和一个主题出现在这个后验概率的序列，发现图案打印


作者（S）----------Author(s)----------


Oliver Bembom, <a href="mailto:bembom@berkeley.edu">bembom@berkeley.edu</a>

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。