R语言 Cormotif包 generank()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

generank(Cormotif)
generank()所属R语言包：Cormotif

                                        Rank genes based on statistics
                                         基于统计的排名基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function rank the genes according to the decreasing order of the given statistics.
此功能的基因排序，根据给定的统计递减顺序。


用法----------Usage----------


generank(x)



参数----------Arguments----------

参数：x
        A G*D matrix of statistics, the number of rows is the number of genes and the number of columns is the number of studies.  
一个G*D统计矩阵的行数的基因数和列数了多项研究。


Details

详情----------Details----------

The function returns a G*D matrix of index of  top ranked genes in each study according to the decreasing order of  statistics in that study.
该函数返回一个一流的基因指数G*D矩阵在每个研究，按递减顺序在这项研究中的统计。


作者（S）----------Author(s)----------


Hongkai Ji, Yingying Wei



举例----------Examples----------


data(simudata2)
n<-nrow(simudata2)
m<-ncol(simudata2)
#the expression data is from the second column to m[表达数据是从第二列到M]
exprs.simu2<-as.matrix(simudata2[,2:m])

#prepare the group ID number for each sample array[准备组ID号，每个样品阵列]
data(simu2_groupid)

#prepare the design matrix for each group of samples[各组样品的准备设计矩阵]
data(simu2_compgroup)

#fit 2 correlation motif to the data[2相关的主题，以适应数据]
motif.fitted<-cormotiffit(exprs.simu2, simu2_groupid,simu2_compgroup,K=2)
#give the gene index list according to the decreasing order of [根据降序基因索引列表]
#posterior probability for a gene to be differentially expressed in each study [在每个研究后验概率的基因差异表达]
generank(motif.fitted$bestmotif$p.post)

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注：
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