R语言 Cormotif包 cormotiffitall()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

cormotiffitall(Cormotif)
cormotiffitall()所属R语言包：Cormotif

                                        All Studies Correlation Motif Fit
                                         所有研究相关母题飞度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function assumes that a gene is either differentially expressed in all studies or is not differentially expressed in any study. It gives the fitted values for the probability distribution of motif (0,0,...0) and motif (1,1,...,1), and the posterior probability for each gene to be differentially expressed in all studies.
这个函数假设，一个基因可以在所有的研究差异表达或差异并不表示在任何研究。它给为主题的概率分布拟合值（0,0，... 0）和主题（1,1，...，1），并为每个要在所有的研究差异表达的基因后验概率。


用法----------Usage----------


cormotiffitall(exprs,groupid,compid, tol=1e-3, max.iter=100)



参数----------Arguments----------

参数：exprs
a matrix, the expression data after normalization that is on log2 scale, each row of the matrix corresponds to a gene and each column of the matrix corresponds to a sample array.  
一个矩阵，后标准化是log2对数值，矩阵的每一行对应的基因和矩阵的每一列对应一个样品阵列基因表达数据。


参数：groupid
the group label for each sample array, two arrays in the same study with same experinment condition(e.g. control) have the same groupid.  
每个样品阵列组的标签，两个在同一研究的相同experinment条件(e.g. control)有相同的GroupId数组。


参数：compid
the study design and comparison matrix, each row of the matrix corresponds to one study with the first column being the first experinment condition and the second column being the second experinment condition
研究设计和比较矩阵，矩阵的每一行对应一个研究是第一experinment条件的第一列和第二列被第二experinment条件


参数：tol
the relative tolerance level of error.  
相对误差容忍程度。


参数：max.iter
maximun number of iterations.  
最长数量的迭代。


Details

详情----------Details----------

The difference between cormotiffitall and cormotif(...,K=2,...) is that cormotiffitall forces the motif to be one of the two patterns but cormotiffit allows motif patterns other than (0,...,0) and (1,..,1).
cormotiffitallcormotif(...,K=2,...)“之间的区别cormotiffitall迫使主题是两种模式，但cormotiffit让主题图案以外（0，...，0 ）和（1，...，1）。


值----------Value----------


参数：p.post
the posterior probability for each gene to be differentially expressed  
后验概率为每一个基因的差异表达


参数：motif.prior
fitted values of the probability distribution of motif (0,0,...0) and motif (1,1,...,1)   
Motif的概率分布（0,0，... 0）和主题的拟合值（1,1，...，1）


参数：loglike
log-likelihood of the fitted model  
log拟合模型的可能性


作者（S）----------Author(s)----------


Hongkai Ji, Yingying Wei



参考文献----------References----------

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。