cormotiffit(Cormotif)
cormotiffit()所属R语言包：Cormotif
Correlation Motif Fit
关联母题飞度
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function fits the Correlation Motif model to multiple expression studies. It gives the fitted values for the probability distribution of each motif, the fitted values of the given correlation matrix and the posterior probability for each gene to be differentially expressed in each study.
此功能适合多个表达研究的相关主题模型。它给每个主题的概率分布的拟合值，拟合值的相关矩阵，并为每一个基因的后验概率差异表达在每个研究。
用法----------Usage----------
cormotiffit(exprs,groupid,compid,K=1, tol=1e-3, max.iter=100, BIC=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：exprs
a matrix, the expression data after normalization that is on log2 scale, each row of the matrix corresponds to a gene and each column of the matrix corresponds to a sample array.
一个矩阵，后标准化是log2对数值，矩阵的每一行对应的基因和矩阵的每一列对应一个样品阵列基因表达数据。
参数：groupid
the group label for each sample array, two arrays in the same study with same experinment condition(e.g. control) have the same groupid.
每个样品阵列组的标签，两个在同一研究的相同experinment条件(e.g. control)有相同的GroupId数组。
参数：compid
the study design and comparison matrix, each row of the matrix corresponds to one study with the first column being the first experinment condition and the second column being the second experinment condition.
这项研究的设计和比较矩阵，矩阵的每一行对应一个研究第一列的第一experinment条件和第二列第二experinment条件的。
参数：K
a vector, each element specifing the number of motifs a model wants to fit.
一个向量，每个元素specifing图案模型要适合。
参数：tol
the relative tolerance level of error.
相对误差容忍程度。
参数：max.iter
maximun number of iterations.
最长数量的迭代。
参数：BIC
default is BIC=TRUE, selecting the model with the lowest BIC value among all fitted models; if BIC=FALSE, selecting the model with the lowest AIC value among all fitted models.
默认是的BIC = TRUE时，选择最低的BIC值之间的拟合模型的模型;如果的BIC = FALSE时，所有的拟合模型的AIC值与最低之间的选择模型。
Details
详情----------Details----------
For the i^th element of K, the function fits total number of K[i] motifs to the data. Each gene can belong to one of the K[i] possible motifs according to prior probability distribution, motif.prior. For genes in motif j, the probability that they are differentially expressed in study d is motif.q(j,d). One should indicate the groupid and compid for each study clearly.
函数为I ^K个元素，适合K[i]图案总数的数据。每一个基因可以属于一个K[i]根据先验概率分布可能的图案，motif.prior。为主题的基因j，他们的差异表达研究的概率d是motif.q(j,d)。应该指出的groupId明确每个研究和compid。
值----------Value----------
参数：bestmotif$p.post
the posterior probability for each gene to be differentially expressed in each study for the best fitted model
后验概率为每一个基因的差异表达，在每一个研究的最佳拟合模型
参数：bestmotif$motif.prior
fitted values of the probability distribution of different motifs for the best fitted model
不同图案的概率分布拟合值的最佳拟合模型
参数：bestmotif$motif.q
fitted values of the correlation motif matrix for the best fitted model
相关主题矩阵的最佳拟合模型拟合值
参数：bestmotif$loglike
log-likelihood of the best fitted model
最佳拟合模型的对数似然
参数：bic
the BIC values of all fitted models
所有拟合模型的BIC值
参数：aic
the AIC values of all fitted models
所有拟合模型的AIC值
参数：loglike
log-likelihood of all fitted models
log拟合模型的可能性
作者（S）----------Author(s)----------
Hongkai Ji, Yingying Wei
参考文献----------References----------
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-2-25 15:49:25
