R语言 copa包 plotCopa()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotCopa(copa)
plotCopa()所属R语言包：copa

                                         Plot Gene Pairs fom the Results of Running copa
                                         图基因对FOM运行COPA结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function can be used to visualize pairs of genes that may be involved in recurrent gene fusion in cancer.
此功能可用于可视化对基因可能参与在癌症复发的基因融合。


用法----------Usage----------


plotCopa(copa, idx, lib = NULL,  sort = TRUE, col = NULL, legend = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：copa
An object of class 'copa', resulting from a call to the copa function.
一个对象类杯，copa函数的调用。


参数：idx
A numeric vector listing the gene pairs to plot (e.g., idx = 1:3 will plot the first three gene pairs).
一个数值向量上市的基因对图（例如，IDX = 1:3将绘制前三基因对）。


参数：lib
If the underlying data are Affymetrix expression values, one can specify an annotation package and the plot labels will be extracted from the xxxSYMBOL environment. If NULL, the row.names of the gene expression matrix will be used.
如果基础数据Affymetrix的表达值，可以指定一个注解包，图标签将提取的xxxSYMBOL环境。如果NULL，row.names基因表达矩阵将被使用。


参数：sort
Boolean. Should the data be sorted before plotting? Defaults to TRUE.
布尔值。应的数据进行排序之前绘制？ TRUE默认。


参数：col
A vector of color names or numbers to be used for coloring the different samples in the resulting barplot.
一个向量着色产生barplot的不同样品使用的颜色名称或数字。


参数：legend
A vector of terms describing the two sample types (e.g., 'Normal' and 'Tumor'). Defaults to NULL
一个描述两个样品类型（例如，正常和肿瘤）的向量。 NULL默认


Details

详情----------Details----------

Note that this function will output all the gene pairs in the idx vector without pausing. This can be controlled by either setting par(ask = TRUE), or by redirecting the output to a file (using e.g., pdf, ps, etc.).
请注意，此功能将不停顿地输出所有的在IDX向量的基因对。这可以通过设置面值控制（问= TRUE），或通过输出重定向到一个文件（使用，例如，pdf，ps等）。


值----------Value----------

This function is called solely for outputting plots. No values are returned.
此功能只被称为输出图。没有返回值。


作者（S）----------Author(s)----------


James W. MacDonald



参考文献----------References----------

factor genes in prostate cancer.

举例----------Examples----------


if(interactive()){
library(Biobase)
data(sample.ExpressionSet)
cl <- abs(3 - as.numeric(pData(sample.ExpressionSet)[,2]))
tmp <- copa(sample.ExpressionSet, cl)
plotCopa(tmp, 1, col = c("red", "blue"))
}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。