R语言 codelink包 plotMA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotMA(codelink)
plotMA()所属R语言包：codelink

                                        MA plot
                                         主图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Takes a Codelink object and plot M vs A.
注意到1 Codelink对象和图中号与A.


用法----------Usage----------


  plotMA(object, array1 = 1, array2 = NULL, cutoff = c(-1, 1), label = NULL,
    type = NULL, high.list = NULL, high.col = "blue", high.pch = 21,
        high.bg = "cyan",        snr = NULL, snr.cutoff = 1, legend.x = NULL, pch = ".",
        subset = NULL, title = NULL, xlim = NULL, ylim = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class "Codelink" or "MAarrayLM".
对象类的“Codelink”或“MAarrayLM”。


参数：array1
first array to be used.
第一个数组被使用。


参数：array2
second array to be used.
第二个数组被使用。


参数：cutoff
cutoff to be used as fold change markeer.
截止到被用作倍markeer的。


参数：label
type of labeling used in legend.
传说中的标签类型。


参数：type
spot type information.
发现类型信息。


参数：high.list
list of genes highlighted.
列表高亮基因。


参数：high.col
color used for high genes.
颜色用于高基因。


参数：high.pch
pch used for high genes.
PCH用于高基因。


参数：high.bg
background color used for high genes.
用于高基因背景颜色。


参数：snr
vector with SNR values, usually, taking rowMeans() from a SNR matrix.
SNR值向量，通常情况下，采取rowMeans（）从信噪比矩阵。


参数：snr.cutoff
SNR cutoff used for label spots.
截止信噪比用于标签点。


参数：legend.x
relative position of the legend.
传说中的相对位置。


参数：pch
pch style used to main spots.
PCH风格主要景点。


参数：subset
subset of spots used to plot based on 'type' slot.
子集，用来绘制点的基础上“类型”槽。


参数：title
title of the plot.
图的标题。


参数：xlim
range for the X axis.
X轴的范围。


参数：ylim
range for the Y axis.
Y轴的范围。


Details

详情----------Details----------

This function has suffered recent re-working, to increase the usability and  to clean a little bit the code.
此功能已遭受最近重新工作，以提高可用性和清理一点点的代码。

If array2 is NULL a median array is computed using all available arrays.   Then the values of M and A are computed using the following formula:
如果数组是空的中位数计算阵列使用所有可用的阵列。 M值和A使用下列公式计算：

M = array2 - array1
M = array2的 -  array1的

A = (array2 + array1) / 2
=（array2的+ array1中）/ 2

If type information is available in the Codelink object, or provided throught the 'type' argument, spots are colored based on that. DISCOVERY spots are  plotted black with pch = "." whereas the other classes are plotted with  different background colors, using gray as border to increase contrasts. For  that pch = 21 is used. If snr is specified as label option, the SNR is used  to label spots, if available in the Codelink object. In this case, the mean  SNR across all arrays is used when array2 = NULL.
如果类型信息在Codelink对象，或有着相同的型的说法，点的基础上，进行着色。愉点绘制与PCH =黑“。”，而其他类别的绘制不同的背景颜色，使用灰色为边界增加反差。对于PCH = 21。如果指定标签选项，SNR是信噪比用于标签点，如果可用在Codelink对象。在这种情况下，所有阵列的平均信噪比array2的=当空。

Some parameters may not be working right now, as the new function is using a  different method to labels spots.
有些参数可能无法工作，现在，作为新的功能使用不同的方法来标签点。

The legend is 'automagically' located, but this can be overrided with the  legend.x argument.
传说是“自动的”位置，但可以overrided与legend.x参数。

In addition, a subset of the spots can be plotted based on type information  when available. This allows, for example, to plot only DISCOVERY spots.
此外，基于类型信息可用时，可以绘制点的子集。这使得，例如，仅绘制的愉点。


作者（S）----------Author(s)----------


Diego Diez



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
    data(codelink.example)
    plotMA(codelink.example)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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