normalize.loess(codelink)
normalize.loess()所属R语言包:codelink
Normalized chips using cyclic loess.
使用循环黄土归芯片。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Takes a matrix and apply cyclic loess normalization. It is based in normalize.loess from package affy but supports NA.
注意到矩阵和申请循环黄土标准化。它是基于在从包affy normalize.loess但支持不适用。
用法----------Usage----------
normalize.loess(mat, subset = sample(1dim(mat)[1]),
min(c(5000, nrow(mat)))), epsilon = 10^-2, maxit = 1, log.it = TRUE,
verbose = FALSE, span = 2/3, family.loess = "symmetric", weights = NULL)
参数----------Arguments----------
参数:mat
a matrix with columns containing the values of the chips to normalize.
用含有芯片的值标准化列的矩阵。
参数:subset
a subset of the data to fit a loess to.
适合黄土到的数据的一个子集。
参数:epsilon
a tolerance value (supposed to be a small value - used as a stopping criterium).
公差值(应该是一个很小的值 - 作为停止绕圈)。
参数:maxit
maximum number of iterations.
最大迭代次数。
参数:log.it
logical. If TRUE it takes the log2 of mat
逻辑。如果TRUEmat的的log2
参数:verbose
logical. If TRUE displays current pair of chip being worked on.
逻辑。 TRUE如果显示芯片的电流对工作。
参数:span
parameter to be passed the function loess
参数被传递函数loess
参数:family.loess
parameter to be passed the function loess. "gaussian" or "symmetric" are acceptable values for this parameter.
参数被传递函数loess。 "gaussian"或"symmetric"此参数可接受的值。
参数:weights
a vector of weights for the individual measurements.
个别测量的权重向量。
值----------Value----------
A matrix of normalized values.
标准化值矩阵。
作者(S)----------Author(s)----------
Diego Diez
举例----------Examples----------
## Not run: [#无法运行:]
mat <- matrix(sample(500), 100, 5)
mat <- normalize.loess(mat)
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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