bkgdCorrect(codelink)
bkgdCorrect()所属R语言包:codelink
Background correction of intensity values.
背景校正的强度值。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Takes a Codelink object with Spot mean and Bkgd median values and corrects applying one of the methods available.
注意到Codelink与现货平均BKGD中值对象,并纠正应用可用的方法之一。
用法----------Usage----------
bkgdCorrect(object, method = "half", preserve = FALSE, verbose = FALSE,
offset = 0)
参数----------Arguments----------
参数:object
character; an object of class "Codelink".
字符;类“Codelink”的对象。
参数:method
character; the correction method to use, one of "none", "subtract", "half" and "normexp".
字符;校正方法的使用,“无”,“减”,“一半”和“normexp”之一。
参数:preserve
logical; if Smean and Bmedian slots should be preserved.
逻辑;如果Smean和Bmedian插槽应予以保留。
参数:verbose
logical; if TRUE print some information with method normexp.
逻辑,如果真打印一些方法normexp的的信息。
参数:offset
numeric; value to add to intensities.
数字值增加强度。
Details
详情----------Details----------
Available methods are: . none: left intensities untouched. . subtract: simple subtraction of Bkgd median from Spot mean. . half: the same as above but aboid negative values setting all intensity values below zero to 0.5. . normexp: apply normexp background adjustment from package limma.
可用的方法是:无:左强度不变。 。减去:从现货BKGD位数简单的减法是什么意思。 。一半以上,但aboid负值设置零下所有强度值0.5。 。 normexp:从包limma申请normexp背景调整。
值----------Value----------
An object of class Codelink with corrected intensity values, that is
矫正强度值类Codelink的对象,这是
作者(S)----------Author(s)----------
Diego Diez
举例----------Examples----------
## Not run: [#无法运行:]
data(codelink.example)
codelink.example <- bkgdCorrect(codelink.example, method = "half")
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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注:
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