R语言 CNAnorm包 InData-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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InData-class(CNAnorm)
InData-class()所属R语言包：CNAnorm

                                        Class "InData" ~~~
                                         类“InData”的~~~

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A Class containing input data for CNA
A类中央社含输入数据


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("InData", Chr, Pos, Test, Norm, ratio, GC).
创建对象可以通过检测的形式new("InData", Chr, Pos, Test, Norm, ratio, GC)。


插槽----------Slots----------




Chr: Object of class "character". Name of the Chromosomes/Contigs of each window.
Chr类"character"的对象。每个窗口的染色体/重叠群的名称。




Pos: Object of class "numeric". Starting position of the each window.
Pos类"numeric"的对象。开始的每个窗口的位置。




Test: Object of class "numeric". Number of reads from Test in each window.
Test类"numeric"的对象。读取数在每个窗口的测试。




Norm: Object of class "numeric". Number of reads from Normal (Control) in each window.
Norm类"numeric"的对象。在每个窗口中读取数（正常对照）。




ratio: Object of class "numeric". Ratio Test/Control in each window. Automatically computed if Test and Norm are provided, or
ratio类"numeric"的对象。比测试/在每个窗口的控制。自动计算，如果提供测试和规范，或




GC: Object of class "numeric". GC content of each window.
GC类"numeric"的对象。 GC含量为每一个窗口。


方法----------Methods----------




length signature(x = "InData"): Returns number of windows from input data.
输入数据的长度signature(x = "InData")：返回窗口的数量。


作者（S）----------Author(s)----------


Stefano Berri



参考文献----------References----------

(2011) Correcting for cancer genome size and tumor cell content enables better estimation of copy number alterations from next generation sequence

参见----------See Also----------

CNAnorm
CNAnorm


举例----------Examples----------


data(LS041)
inObject <- new("InData", Chr = as.character(LS041$Chr), Pos = LS041$Pos,
    Test = LS041$Test, Norm = LS041$Norm, GC = LS041$GC)
CNA <- new("CNAnorm", InData = inObject)

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