R语言 cn.farms包 slSummarization()函数中文帮助文档(中英文对照)

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slSummarization(cn.farms)
slSummarization()所属R语言包：cn.farms

                                        Method for computation of the single-locus summarization
                                         单轨迹总结的计算方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The different probes of the SNPs of the array are summarized to a probeset.
不同的探针阵列的单核苷酸多态性的总结到probeset。


用法----------Usage----------


  slSummarization(object, summaryMethod = "Exact",
    summaryParam = list(),
    callParam = list(runtype = "ff", cores = 1),
    summaryWindow = c("std", "fragment"), returnValues,
    saveFile = "slData")



参数----------Arguments----------

参数：object
An instance of ExpressionSet
一个ExpressionSet的实例


参数：summaryMethod
allowed versions for the summarization step are: Gaussian,Variational, Exact. Default is Variational.
总结步允许的版本是：高斯，变，精确。默认是变的。


参数：summaryParam
The parameters for the summaryMethod. Further information can be obtained via the according functions: cn.farms, cn.farms or cn.farms
参数的summaryMethod。进一步的信息可以得到通过的根据职能：cn.farms，cn.farms或cn.farms。


参数：callParam
Additional parameters for runtype (ff or bm) as well as cores for parallelization.
runtype（FF或BM）以及并行内核的附加参数。


参数：summaryWindow
Method for combination of the SNPs. Possible values are sl and fragment.
的SNP组合的方法。可能的值是SL和片段。


参数：returnValues
List with return values. For possible values see summaryMethod.
列出返回值。可能的值，见summaryMethod。


参数：saveFile
Name of the file to save.
保存的文件名称。


值----------Value----------

Single-locus summarized data of an instance of ExpressionSet
单轨迹总结一个ExpressionSet的实例的数据


作者（S）----------Author(s)----------



Djork-Arne Clevert <a href="mailtokko@clevert.de">okko@clevert.de</a> and Andreas
Mitterecker <a href="mailto:mitterecker@bioinf.jku.at">mitterecker@bioinf.jku.at</a>




参见----------See Also----------

summarizeFarmsExact
summarizeFarmsExact


举例----------Examples----------


load(system.file("exampleData/normData.RData", package = "cn.farms"))
notes(experimentData(normData))$annotDir <-
        system.file("exampleData/annotation/pd.genomewidesnp.6/1.1.0",
                package = "cn.farms")
summaryMethod <- "Variational"
summaryParam <- list()
summaryParam$cyc <- c(10)
slData <- slSummarization(normData,
        summaryMethod = summaryMethod,
        summaryParam = summaryParam)
assayData(slData)$L_z[1:10, 1:10]

summaryMethod <- "Gaussian"
summaryParam <- list()
summaryParam$cyc <- c(10)
slData <- slSummarization(normData,
        summaryMethod = summaryMethod,
        summaryParam = summaryParam)
assayData(slData)$L_z[1:10, 1:10]

summaryMethod <- "Exact"
summaryParam <- list()
summaryParam$cyc <- c(10, 20)
slData <- slSummarization(normData,
        summaryMethod = summaryMethod,
        summaryParam = summaryParam)
assayData(slData)$L_z[1:10, 1:10]

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