R语言 clstutils包 prettyTree()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

prettyTree(clstutils)
prettyTree()所属R语言包：clstutils

                                         Draw an annotated phylogenetic tree.
                                         绘制注明的进化树。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extends plot.phylo to draw a
延伸plot.phylo绘制


用法----------Usage----------



prettyTree(x, groups, fill,
           X, O, indices, labels,
           show = rep(TRUE, length(x)),
           largs = list(cex = 0.75, bty = "n", yjust = 0.5),
           parargs = list(mar = c(bottom = 5, left = 2, top = 2,
                              right = ifelse(is.null(largs), 2, 8)),
               xpd = NA),
           pointargs = list(), glyphs,
           shuffleGlyphs = NA, ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class phylo, eg x <- nj(ddist)
phylo类的对象，如x <- nj(ddist)


参数：groups
a factor (or object coercible) to a factor assigning group identity to leaf nodes in x
一个因素（或对象强制转换）的一个因素分配组的身份在X叶节点


参数：fill
vector (logical or indices) of points to fill
矢量（逻辑或指数），以填补点


参数：X
vector of points to mark with an X
用X标记点的向量


参数：O
vector of points to mark with a circle
点的向量，以纪念一个圆圈


参数：indices
label points with indices (all points if 'yes', or a subset indicated by a vector)
标签与指数点（点，如果是，或一个子集表示一个向量）


参数：labels
character vector of tip labels in the same order as x$tip.label
特征向量的尖端标签在相同的顺序x$tip.label


参数：show
boolean vector of points to show
布尔向量的点显示


参数：largs
arguments controlling appearance of the legend or NULL for no legend
没有传说中的传说或NULL外观参数控制


参数：parargs
arguments to pass par()
参数传递（PAR）


参数：pointargs
arguments to pass points() (other than pch, col, bg)
参数传递点（）（PCH，COL，BG以外）


参数：glyphs
a data.frame with columns named 'col' and 'pch' corresponding to elements of unique(groups)
data.frame相应的元素unique(groups)列名为“山坳和PCH


参数：shuffleGlyphs
NA or an integer (argument to set.seed)
NA或一个整数（set.seed的说法）


参数：...
passed to plot.phylo
传递plot.phylo的


Details

详情----------Details----------

prettyTree adds to a plot drawn by plot.phylo
prettyTreeplot.phylo增加了一个图绘制

Vectors specifying annotation should be in the order of row or column labels of the distance matrix used to generate x.
指定注释的向量，应该在距离矩阵的行或列标签用于生成x秩序。


值----------Value----------

Plots to the active device; no return value.
有源器件的图，没有返回值。


注意----------Note----------

See package vignette for additional examples.
看到更多的例子包小插曲。


作者（S）----------Author(s)----------



Noah Hoffman




参见----------See Also----------

plot.phylo
plot.phylo


举例----------Examples----------


library(ape)
data(seqs)
data(seqdat)
prettyTree(nj(dist.dna(seqs)), groups=seqdat$tax_name)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。