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有关绘图的全局参数多数都可以使用par()函数设置，该函数有丰富的在线参考信息，可通过?par获得。这只讲些常用参数的设置。
一、图形边距：mar/mai参数

R绘图参数中表示距离大小的一般都有“英寸”和“行”两种单位方式。图形边距设定参数可以用mai（英寸边距）和mar（行边距）。四个边距的顺序是下、左、上、右，如下图所示：


设置方法：
par(bg="cyan")                #把图形背景设为青色以便观察
par(mar=c(4, 4, 0.5, 0.5))    #设定下边距和左边距为4行，另外两边距为0.5行。
set.seed(1000)                #设此参数是为了下面的rnorm()函数都能获得相同数据
plot(rnorm(10))



二、坐标轴（标题、刻度标签和刻度线）位置：mgp参数
mgp参数可设三个数值，依次为标题、刻度标签和刻度的位置。mar/mai设定参数后，图形区（用box函数绘制的边框）边缘位置即为0。所以，mgp=c(2, 0.5, 0)就表示标题在第二行，刻度标签在0.5行，刻度线在0行。
par(bg="cyan")
par(mar=c(4, 4, 0.5, 0.5))
set.seed(1000)
par(mgp=c(2,0.5,0))      #坐标轴各项的位置设定
plot(rnorm(10))



三、获取位置坐标

如果要把图例、自定义文字等设置在图形区以外，par函数的usr参数非常有用，获取方法很简单：
usr <- par("usr")
usr
[1]  0.6400000 10.3600000 -1.4568325  0.8034654
返回值是一个向量：c(x1, x2, y1, y2)
如果要通过鼠标点击获得图形上的某些点的坐标，可以用locator()函数：
xy <- locator(n=1)   #参数n表示要获得n个点的坐标，需要点击n次鼠标
xy
$x
[1] -1.430878

$y
[1] 0.3818771

四、在图形区外添加图例和文字

有了以上获取坐标信息的方法，我们可以把图例放在图形区外。先绘制柱形图：
par(mar=c(3, 3, 0.5, 4))      #注意给图例留出空间
par(mgp=c(2,0.5,0))
NF <- c(17.44 , 2.56 , 2.70 , 18.71 , 5.61 , 32.98)
CA <- c(11.48 , 0.75 , 1.16 , 12.73 , 2.84 , 20.04)
labels <- paste("S", 1:length(NF),sep="")
the.data <- rbind(NF, CA)
barplot(the.data, ylim=c(0, max(NF,CA)*1.2), col=c("orange", "red"),
+ xlab="Sample", ylab="Level", beside=TRUE,
+ offset=0, axis.lty=1, names.arg=labels)
box()



然后通过坐标设定将图例放到图形区外。注意：除坐标（指图例的左上角坐标）数值设定外，还要legend函数中的参数xpd值设为TRUE，意思为“允许在图形区外绘制”。
usr <- par("usr")
x <- usr[2]*1.02     #图例左上角的x坐标
y <- usr[4]*0.6      #图例左上角的y坐标
legend(x, y, legend=c("NF","CA"), fill=c("orange", "red"), box.col="white", xpd=TRUE)



事实上，使用legend函数的inset参数就可以把图例放到图形区外，不需要设定坐标值。inset的值表示相对于图形区的比例，比如：如果位置坐标用“left”和“right”，inset表示相对于x轴长度的比例。要将图例放到图形区外，inset设定为负值，具体数字自己估算。前面的图例可以用下面语句获得：
legend("right", legend=c("NF","CA"), box.col="white", fill=c("orange", "red"), inset=-0.28, xpd=TRUE)
灵活设定inset的值可以把图例放置在图形的其他地方：
par(mar=c(3, 3, 2, 0.5))
par(mgp=c(2,0.5,0))
barplot(the.data, ylim=c(0, max(NF,CA)*1.2), col=c("orange", "red"),
+ xlab="Sample", ylab="Level", beside=TRUE,
+ offset=0, axis.lty=1, names.arg=labels)
legend("top", legend=c("NF","CA"), box.col="white", fill=c("orange", "red"),
+ ncol=2, inset=-0.15, xpd=TRUE)
box()



随便简单说说文字添加，更详细的内容留后面介绍。图形区内添加文字用text()函数，在图形区外添加文字用mtext()函数。这种约束也不是死的，设定合适的参数，两者可以随意使用。另外，mtext()不能添加旋转的文字，text用srt参数可以获得旋转文字。下面我们用旋转文字设定x轴标签：
NF <- c(17.44 , 2.56 , 2.70 , 18.71 , 5.61 , 32.98)
CA <- c(11.48 , 0.75 , 1.16 , 12.73 , 2.84 , 20.04)
the.data <- rbind(NF, CA)
labels <- paste("Sample", 1:length(NF))
par(mar=c(4, 3, 0.5, 0.5))
par(mgp=c(2,0.5,0))
position <- barplot(the.data, ylim=c(0, max(NF,CA)*1.2),
+ col=c("orange", "red"), legend.text=c("NF","CA"),
+ args.legend=list(x="topleft", box.col="white", inset=0.02),
+ ylab="Level", beside=TRUE, offset=0, axis.lty=1)
#以下为横坐标标签设定
x <- (position[1,] + position[2,])/2
y <- par("usr")[3]-1
text(x, y, labels=labels, adj=1, srt=45, xpd=TRUE)
box()


五、一页多图

把一个页面平分成n份做n个图，用par函数的mfrow和mfcol参数。这两个参数都是两个值的向量，表示行数和列数，但在页面上作图顺序的顺序不一样。如果用mfrow参数，一行一行从左到右作图；mfcol则是一列一列的做。下面图形的代码只有第一行不一样，注意看每个图内的点（数字）：
par(mfrow=c(2,2))
par(mar=c(3, 3, 0.5, 0.5))
set.seed(1000)
plot(rnorm(100),pch="1", cex=0.6)
set.seed(1001)
plot(rnorm(100),pch="2", cex=0.6)
set.seed(100)
plot(rnorm(100),pch="3", cex=0.6)
set.seed(1003)
plot(rnorm(100),pch="4", cex=0.6)



par(mfcol=c(2,2))
par(mar=c(3, 3, 0.5, 0.5))
set.seed(1000)
plot(rnorm(100),pch="1", cex=0.6)
set.seed(1001)
plot(rnorm(100),pch="2", cex=0.6)
set.seed(100)
plot(rnorm(100),pch="3", cex=0.6)
set.seed(1003)
plot(rnorm(100),pch="4", cex=0.6)



如果页面不均等分隔绘制多图，用layout函数分隔页面。它有四个参数，mat，widths，heights和respect。后三个参数有默认值，这里我们只设置第一个参数mat。它是一个矩阵，表示绘图区分隔的各部分，相同数字的部分合并成一个绘图区，数字也是它们作图时的顺序。下面的矩阵mat有2行3列，我们看看它绘出的图形：
par(mar=c(2, 2, 0.5, 0.5))
mat <- matrix(c(1,1,2,3,4,4), nrow=2, byrow=TRUE)
mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    1    2
[2,]    3    4    4
layout(mat)
set.seed(1000)
plot(rnorm(100),pch="1", cex=0.6)
set.seed(1001)
plot(rnorm(100),pch="2", cex=0.6)
set.seed(1002)
plot(rnorm(100),pch="3", cex=0.6)
set.seed(1003)
plot(rnorm(100),pch="4", cex=0.6)



par(mar=c(2, 2, 0.5, 0.5))
mat <- matrix(c(1,2,3,4,4,4), nrow=2, byrow=TRUE)
mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    2    3
[2,]    4    4    4
layout(mat)
set.seed(1000)
plot(rnorm(100),pch="1", cex=0.6)
set.seed(1001)
plot(rnorm(100),pch="2", cex=0.6)
set.seed(1002)
plot(rnorm(100),pch="3", cex=0.6)
set.seed(1003)
plot(rnorm(100),pch="4", cex=0.6)



注意：mat参数的值必需从1-n顺序依次取值，不能有间隔。

参考 http://helloxxxxxx.blog.163.com/ ... 095201302293527892/

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整理的好！！学习了！